L'équipe se focalise sur l'épidémiologie, la génétique, la génomique, et les déterminants moléculaires des populations de Xanthomonas oryzae pv oryzae (Xoo), responsable de la bactériose vasculaire du riz en Afrique. Vous exploiterez ces connaissances pour intégrer la recherche sur les phages pour contrôler et comprendre mieux ce pathogène. L'équipe dispose de matériel de microbiologie et biologie moléculaire, d'une collection de plus de 5000 souches de Xanthomonas, accompagnée d'informations sur leur phénotype/génotype, et d'une bonne connaissance des situations de terrain. Vous bénéficierez d'un soutien technique de 6 agents ingénieurs et techniciens. L'équipe dispose de compétences avancées en bioinformatique, ayant permis l'analyse de centaines de génomes de Xoo (séquençage MinION en routine). Des recherches sur les phages ciblant Xanthomonas ont débuté en 2023 et avec le projet "Occiphage", soutenu par l'appel "Défi Clé Région OCTAAVE". Occiphage explore la "Diversité et emploi de bactériophages à potentiel de lutte biologique contre les bactéries pathogènes de cultures tempérées et tropicales". Les phages constituent une méthode de biocontrôle sur les semences, abordable pour les pays d'Afrique. Vous profiterez d'un réseau de chercheurs-es français, européens-es et internationaux via des collaborations et des projets en cours. Des interactions privilégiées avec d'autres équipes PHIM (MICROQUAR P. Rott et P. Roumagnac et MULTI S. Blanc), renforceront les approches métagénomiques et moléculaires.
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