Apprentissage – contrôle de la qualité syntaxique et sémantique des données des pipelines médicaux (h/f)

L'organisation "Virtual Twin of Human" de Dassault Systèmes Corporate Research développe des technologies et réalise des pipelines logiciels pour accélérer la transformation des pratiques médicales par l’approche des jumeaux virtuels.

Au sein de cette organisation, l’équipe NeuroTwin est spécifiquement en charge du développement des technologies, algorithmes, composants, pipelines, expérience utilisateur et jumeaux virtuels du cerveau pour des applications d'aide au diagnostic, pronostic et suivi des patients, dans le domaine de la neurologie clinique. Les pathologies abordées sont les maladies neurodégénératives et l’épilepsie.

L’équipe est constituée d’ingénieurs de recherche, de développeurs de logiciels (back-end et front-end) et de data scientists.

Les jumeaux virtuels du cerveau sont reconstruits par un pipeline logiciel à partir des données médicales du patient lui-même, notamment l’imagerie par résonance magnétique (IRM) et la tomographie par émission de positrons (TEP). La qualité des données utilisées conditionne la qualité du jumeau virtuel du cerveau du patient et la qualité des biomarqueurs calculés sur ces données et qui seront utilisés pour orienter le parcours de soin du patient. Par ailleurs, du bon contrôle-qualité des données dépendent aussi a) le fonctionnement efficace et sans risque de dispositifs médicaux logiciels, b) la robustesse des outils des diagnostic, c) la reproductibilité des expériences scientifiques, et d) la réussite des essais cliniques multicentriques.

Les données médicales, comme toute information issue de capteurs physique, sont intrinsèquement variables, imprécises, bruitées, incomplètes, parfois contradictoires, peuvent contenir des artefacts. Dans ces conditions, pour assurer la qualité et l’interopérabilité des données, il est indispensable de mettre au point des outils de détection de consistance – syntaxique ou sémantique – et de correction. La fiabilité des logiciels passe par la détection que leurs données d’entrées sont bien conformes aux spécifications, par la robustesse aux données un peu perturbées et par la détection et le rejet des données hors du domaine de vol du logiciel. Cela passe par a) le développement de validateurs et de nettoyeurs de données, b) le respect de normes ou de guidelines du domaine.



Vos missions

Dans cet apprentissage, vous participerez à la construction de l’approche globale de contrôle de la qualité des données utilisées pour assurer la qualité du jumeau virtuel du cerveau du patient et des biomarqueurs associés.

* Vous recenserez les normes de standardisation et de qualité du domaine des données cliniques, vous vous y familiariserez et vous les inclurez dans la conception de vos outils de qualité, lorsque cela représente un avantage ou une obligation légale ou réglementaire.
* Vous implémenterez des logiciels (data checkers) de vérification de la qualité des données, de correction de données (data cleaners), au niveau syntaxique (format) ou sémantique (signification clinique). Vous intégrerez ces briques logicielles dans un pipeline clinique industriel au sein de la plateforme 3DS Healthcare. Vous assurerez l'utilisabilité, la qualité, la performance, la non-régression et la documentation de ces logiciels.
* Vous devrez apprendre la syntaxe et la sémantique des formats principaux des données cliniques. Vous pourriez être amené à contribuer au développement de formats internes, de leurs spécifications et des outils associés.
* Vous découvrirez le processus de développement d'un logiciel médical industriel dans un contexte où i) la conformité règlementaire et ii) la qualité sont des exigences incontournables.

Vous disposez d'excellentes aptitudes de travail en équipe, d'autonomie et de proactivité, d'une réelle capacité à discuter de manière critique et constructive, à échanger des idées avec les membres du projet, à accepter que d'autres solutions soient possibles, à exposer vos développements avec pédagogie.

Pour participer pleinement à l'ensemble des objectifs de l'équipe, un goût prononcé pour l'acquisition de nouvelles compétences est indispensable.

Vos qualifications

Etudiant(e) préparant un Bac+5 de formation Développeur ou Ingénieur avec un intérêt marqué pour le biomédical ou Ingénieur en génie biomédical vous avez un goût affirmé pour le développement logiciel et la gestion de données.

* Bon niveau en Python ; Connaissances en C++ ou Java
* Connaissance de langages d’échanges de données (XML, json…)
* Connaissance de grammaires et de validateurs syntaxiques (XSD/XML Schema)
* Sensibilisation à l’importance de mettre en place des procédures de contrôle qualité.
* Qualités attendues : Logique, rigoureux, analytique, précis, responsable.

Vos Atouts supplémentaires:

* Une bonne pratique de données cliniques, notamment en imagerie, est un plus.
* La connaissance d’une norme de qualité en neuro-imagerie serait très appréciée
* Connaissance de formats numériques d’images (JPEG, PNG…).
* Connaissance de formats d’imagerie médicale (DICOM, Nifti…) ou d’électrophysiologie (EDF, GDF,…)



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