Ingénieur.e d'études en biologie structurale computationnelle

La personne recrutée rejoindra une équipe multidisciplinaire dans le cadre d’un projet collaboratif innovant visant la conception computationnelle d’enzymes de modification de l’ARN. Ce projet s’inscrit dans l’axe de recherche du Dr. Cédric Leyrat, spécialiste en biologie structurale computationnelle et expérimentale. La personne recrutée aura pour principale mission de concevoir et optimiser des pipelines de calcul et jouera un rôle clé dans la réussite du projet de recherche en collaborant avec des chercheurs postdoctoraux ainsi que des partenaires externes spécialisés en bio-informatique et biologie expérimentale.

Principales activités :

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines de calcul pour la modélisation et l’ingénierie des enzymes de modification de l’ARN ;

• Mettre en œuvre des algorithmes de prédiction de structure protéique et de conception de protéines adaptées aux besoins du projet ;

• Exploiter des environnements UNIX afin d’assurer une exécution efficace des workflows de calcul en utilisant des serveurs HPC ;

• Optimiser les ressources de calcul et améliorer les performances des flux de travail ;

• Rédiger, optimiser et maintenir des scripts en Python et Bash pour l’automatisation des analyses et le traitement des données ;

• Développer des solutions pour automatiser la collecte et l’analyse des données expérimentales et computationnelles ;

• Se tenir au courant des nouveaux outils et algorithmes en biologie structurale computationnelle, tels que AlphaFold, Rosetta, ProteinMPNN, et RFdiffusion ;

• Intégrer ces outils dans les processus de conception et d’optimisation des enzymes ;

• Collaborer activement avec un chercheur postdoctoral, ainsi que des chercheurs et techniciens expérimentaux afin de valider les résultats des prédictions informatiques ;

• Participer à la mise en œuvre de validations expérimentales basées sur les modèles calculés et à l’interprétation des données biologiques ;

• Rédiger et documenter les workflows de calcul, les rapports de progrès et les publications scientifiques potentielles ;

• Contribuer à la rédaction d’articles et à la présentation des résultats lors de conférences ou dans des publications scientifiques.