Ingénieur / ingénieure développement logiciel en gestion de données orientée images

Ingénieur / Ingénieure développement logiciel en gestion de données orientée images

Location: Plateau D'imagerie MRI-DBS, Place Eugène Bataillon, Montpellier, France


Informations générales

Intitulé de l’offre: Ingénieur / Ingénieure développement logiciel en gestion de données orientée images
Référence: UAR3426-EDIDEM0-066
Nombre de Postes: 1
Lieu de travail: MONTPELLIER
Date de publication: jeudi 19 octobre 2023
Type de contrat: CDD Technique/Administratif
Durée du contrat: 12 mois
Date d’embauche prévue: 1 janvier 2024
Quotité de travail: Temps complet
Rémunération: Entre 2304 € et 2429 € bruts mensuel selon expérience
Niveau d’études souhaité: Niveau 6 – (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée: 1 à 4 années
BAP: Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement
Emploi type: Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Développer en langage python, le tableau de bord convivial de suivi de performance des microscopes sur des périmètres variables allant de l’instrument unique à une cohorte d’instruments regroupés par plateforme ou par nœud (regroupement de plateformes) de l’infrastructure France BioImaging.


Activités

• Prendre connaissance du projet dans sa globalité : des différents acteurs, du code existant et des outils de développement.
• S’intégrer dans les différents réseaux impliqués dans la démarche de qualité en microscopie :

* GT-3M du rt-mfm (https://rtmfm.cnrs.fr/en/gt/gt-3m/)
* QUAREP-LiMi (https://quarep.org/)
• Une phase d’étude sera à réaliser pour optimiser le visuel du tableau de bord et rendre observable les paramètres pertinents en fonction du degré d’intégration (de l’instrument à la cohorte d’un nœud de l’IR).
• Implémenter le tableau de bord et son dialogue avec la base de données OMERO, en fonction des besoins du projet.
• Procéder aux phases de tests de l’outil développé auprès de différentes plateformes, intégrer les correctifs et participer à la validation du projet.


Compétences

• Une bonne connaissance de Python et de l’écosystème scipy (numpy, pandas, scikit-image,…).
• Connaissance des bibliothèques python d'affichage scientifique (matplotlib, plotly,…).
• Connaissances générales en imagerie scientifique.
• Une forte motivation pour déployer des outils numériques et les rendre conviviaux.
• Savoir analyser les besoins, avec des éléments de langage “communs” et proposer des solutions. Bonnes compétences communicatives.
• Être en mesure de présenter ses travaux (capacité de présentation orale et de rédaction).
• Anglais courant (oral et écrit).

Ces connaissances seraient un plus :
• Une connaissance des outils de test automatisés en python (pytest, unittest, tox,…).
• Une connaissance des outils de développement (IDE, docker, VCS,…).
• Une connaissance des bases CSS.


Contexte de travail

L’Infrastructure France-BioImaging (IR FBI) est une infrastructure de recherche distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique. Cette infrastructure unique rassemble des plateformes d’imagerie biologique labellisées IBiSA et des équipes de recherche spécialisées dans la recherche et le développement pour l’imagerie dans 8 nœuds géographiques avec une spécificité thématique et un nœud transverse “Image Processing and Data Management”.

Les plateformes d’imagerie en recherche biomédicale donnent accès à des équipements de pointe ainsi qu’à l’expertise et s’engagent à fournir le meilleur service possible à la communauté scientifique. Dans le cadre de cet engagement, ils sont censés mettre en place les procédures nécessaires pour garantir les performances des équipements.
Pour cela, nous avons développé une application microscope-metrics (https://pypi.org/project/microscopemetrics/), une bibliothèque en Python permettant de fournir un certain nombre de routines d’analyse extrayant des métriques pertinentes à partir des images acquises sur des échantillons standardisés.
Cette bibliothèque est couplée à une infrastructure de gestion de données en imagerie OMERO (https://www.openmicroscopy.org/omero/). Dans une prochaine étape, nous voulons développer un outil dédié à l’exploration des données acquises et à la prise de décision. L’objectif de ce recrutement vise à renforcer cette dernière étape du développement. Les outils numériques développés serviront la communauté de l’imagerie pour la biologie en les articulant avec des applications déjà adoptées par la communauté FranceBioImaging (https://france-bioimaging.org/) (Omero, Openiris, metroloJQC).

L’agent sera localisé sur la plateforme d’imagerie Montpellier Ressources Imagerie (https://www.mri.cnrs.fr) de BioCampus Montpellier (https://www.biocampus.cnrs.fr) à l’IGH (https://igh.cnrs.fr). L’agent sera encadré directement par un Ingénieur de Recherche et assistera aux réunions de coordination du projet avec deux autres Ingénieurs de Recherche.

Le projet s’inscrira aussi à l’interface du projet national FBI.DATA de l’IR FBI. Les outils développés seront adaptés aux protocoles de pérennisation et d’opérabilité fixés dans le cadre d’un suivi périodique du groupe FBI.DATA.

#J-18808-Ljbffr