L'Ifremer
Reconnu dans le monde entier comme l'un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l'Ifremer s'inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.
Présents sur toutes les façades maritimes de l'hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l'océan Indien, l'Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l'Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l'océan, du littoral au grand large et des abysses à l'interface avec l'atmosphère.
Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l'une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l'innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.
Date de clôture de réception de candidatures : 17/03/2025
L'unité Ifremer intégrée dans l'UMR MARBEC (https://umr-marbec.fr) mène des travaux de recherche sur la biodiversité marine, ses usages et sa conservation, plus particulièrement en écologie halieutique et en aquacultures durables. Dans ce cadre, l'équipe du Laboratoire Évolution et Génétique des Populations Marines (LEGPM) est spécialisée dans les approches génomiques pour décrire la diversité et l'évolution des populations / espèces / écosystèmes et développe des activités de recherche selon deux axes :(i) la compréhension et la prédiction de l'évolution darwinienne des biocénoses marines naturelles ou exploitées et des services écosystémiques associés, notamment en réponse aux différentes facettes du changement global, et (ii) l'utilisation des outils génétiques et génomiques pour l'étude de l'écologie des populations et des communautés marines. Située sur deux sites (Montpellier et Sète), l'équipe du LEGPM a accès à un laboratoire eDNA, à de nombreuses plateformes de biologie moléculaire et au serveur de calcul Ifremer DATARMOR.
Sous la responsabilité hiérarchique du Responsable d'Unité (Marbec) et du Responsable de laboratoire (LEGPM), vous travaillerez sous la responsabilité scientifique de la cheffe de projet Sophie Arnaud-Haond sur la production et l'analyse de données de métabarcode à partir d'ADNe issu de substrats d'origine marine échantillonnés durant la campagne TREC (https://www.embl.org/about/info/trec/) et analysés dans le cadre du projet Biocean5D (https://biocean5d.org).
Missions principales
Vous aurez pour mission de contribuer (i) à la finalisation de l'extraction d'ADN et de la construction de librairie de métabarcode et (ii) à l'analyse de données de métabarcode, avec utilisation d'un pipeline bioinformatique existant et rédaction de scripts R d'analyse de communautés.
Activités principales
- Extraction d'ADN et PCR d'ADNenvironnemental (première étape de librairies de métabarcode)
- Analyses bioinformatiques de données de métabarcode avec un pipeline existant
- Rédaction de scripts R d'analyses de données de communautés obtenues par métabarcode
- Rédaction de rapports d'analyses
Diplôme de niveau Master2 (Bac+5) dans un domaine en relation avec la biodiversité et l'écologie des communautés, et aura une expérience préalable de caractérisation de communautés par le biais d'analyses de métabarcode d'ADN environnemental.
Compétences techniques / métiers (Savoirs, savoirs faire)
- Solides connaissances en travail de laboratoire en général, et en biologie moléculaire en particulier.
- Expérience d'utilisation de pipeline bioinformatiques
- Expériences de développement de scripts R pour l'analyse de communautés/ de données de métabarcode
- Sens de l'organisation.
- Anglais parlé et écrit
Qualités personnelles(Savoir-être)
- Autonomie
- Sens du travail en équipe
Taux d'activité 100%
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