Post doctorant (h/f) - pushing cell

Informations générales

Intitulé de l'offre : Post doctorant (H/F) - Pushing Cell
Référence : UMR168-KHEDIN-012
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : lundi 18 novembre 2024
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : Selon grille du CNRS, 3 081€ à 4 292€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : 2 - Théories physiques : méthodes, modèles et applications

Missions

Prendre part au consortium international « Pushing Cell » qui vise à comprendre les processus biologiques et physiques permettant à des cellules de se déplacer dans une matrice biologique sans pouvoir adhérer à cette matrice.
Nous cherchons un(e) physicien(ne) théoricien(ne) pour développer un modèle numérique permettant de comprendre les interactions mécaniques entre une cellule et son environnement en l'absence de force d'adhésion. La ou le postdoc sera chargé de la mise en place d'études numérique de l'interaction entre les filaments du cytosquelette et la membrane cellulaire, en particulier en réponse à des changement de topographie de celle-ci. L'outil numérique de base sera le logiciel cytosim, qui permet de simuler la dynamique de filaments tels que l'actine. La personne recrutée sera également impliquée dans le développement de modèles analytiques basés sur la théorie des gels actifs, en collaboration avec un(e) doctorant(e), et de la comparaison entre ces deux approches.

Activités

Prise en main du logiciel cytosim. Vérification d'un certain nombre de résultats préliminaires sur la distribution de contraintes mécaniques exercées par une couche de filaments dynamiques sur une surface de topographie fixée
Intégration de la simulation d'une membrane fluide et déformable dans l'environnement cytosim. Simulation dynamique de la morphologie de la membrane en réponse au stress exercé par les filaments
Intégration de protéines sensibles à la topographie de la surface et modifiant la dynamique des filaments
Collaboration avec un(e) doctorant(e) chargé(e) du développement d'un modèle analytique de ce système
Collaboration avec des partenaires expérimentateurs (physiciens et biologistes) étudiant ces processus dans des systèmes in-vitro et in-vivo.

Compétences

Nous recherchons des candidats titulaires d'un doctorat en physique théorique, physique statistique ou biophysique ayant une solide expérience préalable dans au moins un des domaines suivants : Modélisation de la mécanique des cellules, Matière molle biologique, gels actifs, mécanique statistique des membranes.
Le candidat aura une expérience des simulations numériques et de la modélisation analytique

Contexte de travail

La motilité cellulaire est généralement décrite comme étant basée sur des processus d'adhésion/détachement impliquant des protéines adhésion telle que les intégrines. Il est cependant reconnu depuis quelques années que des cellules ne possédant pas ces capacités d'adhésions peuvent néanmoins se déplacer dans des matrices tri-dimensionnelles, parfois à des vitesses plus élevées que les cellules adhérentes. Ceci semble suggérer que ces cellules se déplacent en poussant sur leur substrat. Nous nous sommes basés sur ces observations ainsi qu'un certain nombre d'études préliminaires pour construire un projet regroupant des équipes de biologie structural et de biologie cellulaire, une équipe de biophysiciens expérimentateurs, et une équipe de physiciens théoriciens. Ce projet consiste à déterminer les mécanismes d'autoassemblage des éléments du cytosquelette qui permettent à une cellule d'exercer des forces de poussée, en particulier en réponse à une stimulation extérieure qui modifie la topographie locale de la membrane cellulaire. A plus longue échéance, ces travaux seront intégrés à l'échelle de la cellule pour comprendre comment les force de poussée locale sont organisées pour permettre le déplacement global de la cellule. Ce projet est financé par une bourse ERC synergy.

Contraintes et risques

Pas de risque spécifique

Informations complémentaires

Le travail numérique se fera en collaboration directe avec Serge Dmitrieff (Institut Jacques Monod), l'un des développeurs du logiciel cytosim.

Le poste est financé pour une période initiale de 12 mois avec possibilité de prolongation. Le contrat inclut la sécurité sociale française et l'assurance maladie.

L'examen des candidatures commencera en février 2025 et se poursuivra jusqu'à ce que le poste soit pourvu.

La date de début préférée est mai 2025, mais elle est flexible.