Ingénieur-e en biologie génomique microbienne

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche rassemblant une communauté de 12 000 personnes, réparties dans 272 unités de recherche, de service et d'expérimentation implantées sur 18 centres sur toute la France.

Institut de recherche finalisée, il est le premier organisme de recherche mondial spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimentation-environnement ». INRAE a pour ambition d’être un acteur clé des transitions nécessaires pour répondre aux grands enjeux mondiaux.

Face à l’augmentation de la population et au défi de la sécurité alimentaire, au dérèglement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, l’institut a un rôle majeur pour construire des solutions et accompagner la nécessaire accélération des transitions agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités
Le Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME) est une unité mixte de recherche (UMR) INRAE-CNRS d'environ 150 personnes, organisée en 13 équipes de recherche, plateformes et services communs.

Les principaux axes de recherche portent sur les interactions entre les plantes et les microbes symbiotiques ou pathogènes et abordent des questions biologiques relatives aux déterminants du pouvoir pathogène et symbiotique, aux mécanismes infectieux, aux processus de signalisation inter- et intra-organismes, aux programmes de développement, au contrôle de l'expression génique ou enfin aux mécanismes d'évolution et d'adaptation des organismes. Les objets de recherche étudiés vont des organismes modèles ou cultivés aux environnements naturels ou agricoles plus complexes qui mettent en jeu des populations et des communautés.

Vous serez intégré-e au service d'ingénierie des génomes de plantes et microbes en création au LIPME. Ce service sera composé d'une ingénieure d'études et d'une assistante ingénieure qui assureront les activités d'édition des génomes et de transgénèse végétale.

Vous prendrez spécifiquement en charge les activités d'édition des génomes microbiens, incluant des bactéries, des champignons et des communautés microbiennes. Vous serez sous la responsabilité hiérarchique du futur responsable du service et travaillerez en étroite relation avec les personnels des équipes de recherches.
Votre mission sera de proposer et mettre en oeuvre de nouvelles techniques de biologie moléculaire et génétique pour manipuler les génomes microbiens, afin de répondre à des questions complexes en microbiologie sur l'émergence, l'évolution et l'adaptation des microbes pathogènes et symbiotiques de plantes, selon les demandes des équipes.

Vous développerez notamment des techniques associées aux outils CRISPR/Cas, pour faire par exemple l'édition de bases, l'inactivation de gènes ou de répertoires de gènes (effecteurs de virulence par exemple), l'inactivation ciblée de fonctions spécifiques au sein de communautés, ou encore la modulation de l'expression de gènes.
Vous proposerez également des stratégies de biologie synthétique d'assemblage de gènes pour reconstruire et transférer des fonctions biologiques complexes (voies métaboliques, fonctions de virulence, fonctions symbiotiques) ou de mutagenèse haut débit pour rechercher des fonctions spécifiques impliquées dans des processus biologiques (construction de banques de transposons pour réaliser du Tn-seq par exemple).
Enfin, vous adapterez les technologies développées à divers modèles microbiens, bactéries, champignons et communautés, et les transfèrerez aux personnels des équipes de recherche.

Vos activités seront les suivantes :
- conseiller les utilisateurs sur les stratégies expérimentales disponibles pour éditer les génomes microbiens (bactéries, champignons et communautés) ;
- développer l'offre en déployant de nouvelles approches en concertation avec le besoin des équipes ;
- assurer et organiser la veille scientifique et technologique sur l'édition des génomes microbiens ;
- vérifier les manipulations génétiques par analyse des séquences génomiques (construction des banques, séquençage et analyse des données) ;
- proposer, organiser et animer des formations destinées aux étudiants, chercheurs, post-doctorants et techniciens pour les rendre autonomes sur les différentes techniques dans le cadre de formations permanentes ou organisées par le service ;
- diffuser et valoriser les résultats et le développement technologique sous forme de rapports, publications, présentations orales et enseignements ;

Formations et compétences recherchées

Ce recrutement s'adresse aux personnes titulaires de la reconnaissance administrative du handicap et du diplôme réglementaire minimum requis : Master 2, Bac+5 ou équivalent

Vous avez une formation en microbiologie, incluant la connaissance théorique et pratique des techniques classiques de génétique microbienne. Une expérience dans le domaine des interactions plantes/micro-organismes est souhaitée.

Vous avez connaissance des techniques classiques et avancées de biologie moléculaire et biologie synthétique et des compétences de base en bioinformatique pour mettre en oeuvre l'analyse de séquences génomiques.

Vos compétences générales :
- Anglais expression et compréhension écrites et orales : niveau B2 à C1 ;
- Bonnes qualités pédagogiques pour la transmission des savoirs et l'encadrement de personnels ;
- Capacité à travailler en équipe et conduire des projets en autonomie ;
- Aisance relationnelle, capacité d'adaptation ;
- Rigueur et fiabilité ;
- Sens de l'organisation.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :
- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler
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Guide des candidats TH 2025
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Inscription

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr