Doctorant h/f

Thèse sur l'adaptation du microbiome pour favoriser la tolérance au stress des plantes.
Les conséquences continues et croissantes du changement environnemental représentent un défi complexe pour les plantes et donc pour la sécurité alimentaire. L'un des mécanismes par lesquels les plantes favorisent la tolérance au stress à long terme est l'interaction avec les membres bénéfiques du microbiome. Cependant, les fonctions de la plupart des milliers de taxons présents dans les microbiomes végétaux ne sont pas comprises, à quelques exceptions près (par exemple, les rhizobia). On connaît encore moins leur rôle dans la détermination de la tolérance au stress des plantes.

Les relations entre les plantes et le microbiome ont été modifiées par la domestication des plantes, les pratiques de gestion agricole et le changement climatique. De nombreuses études ont fait état de micro-organismes qui favorisent la croissance des plantes et la tolérance au stress, mais un défi majeur consiste à maintenir la persistance et les activités à long terme des micro-organismes bénéfiques après qu'ils ont été inoculés aux plantes sur le terrain. Cette recherche de thèse permettra de mieux comprendre comment soutenir la résistance des plantes et des cultures à la sécheresse et au stress thermique grâce à l'adaptation et à la sélection du microbiome. Le projet se concentrera sur la quantification de la dynamique d'activité du microbiome et sur l'exploitation de ces microbes activés pour maintenir la santé des plantes en cas de stress lié au climat. Il séparera les effets du stress des effets de la rétroaction de l'hôte sur les réponses du microbiome.

Contexte de travail
Ce doctorat s'inscrit dans le cadre de la bourse Consolidator du Conseil européen de la recherche : MicroRescue : Résoudre les mécanismes de sauvetage du microbiome pour promouvoir la résilience au changement climatique. Le poste est placé sous la supervision du Dr Ashley Shade (https://ashley17061.wixsite.com/shadelab). Le projet MicroRescue vise à comprendre les réponses des membres actifs des microbiomes environnementaux au stress du changement climatique, et les conséquences de ces réponses pour les fonctions microbiennes qui influencent les plantes et les sols. En comprenant et en prédisant la capacité des microorganismes dormants à récupérer ou à stabiliser les fonctions microbiennes, le projet développera des stratégies pour la résilience des plantes. La thèse utilisera des expériences multifactorielles pour faire progresser la compréhension de l'écologie de la résilience entre les plantes et le microbiome. Le candidat retenu rejoindra une équipe de projet MicroRescue très motivée qui s'engage à faire preuve d'une grande intégrité scientifique, d'une science ouverte et reproductible, et à promouvoir l'inclusivité.

Le travail sera effectué dans le laboratoire d'écologie microbienne (Laboratoire Ecologie Microbienne, LEM, https://www.ecologiemicrobiennelyon.fr/) de l'Université Claude Bernard Lyon 1 en France et donnera accès à d'excellentes installations et plateformes de recherche sur le campus de « La Doua ». Le laboratoire hôte, le Laboratoire Ecologie Microbienne, compte plus de 70 écologistes microbiens permanents qui collaborent au sein de huit équipes avec cinq plateformes techniques permettant des analyses précises des activités microbiennes, des produits naturels et des génomes. Le projet s'inscrit dans l'équipe « Rhizo » du LEM, qui offre une expertise à la fois étendue et approfondie dans le domaine des interactions plantes-microbes.

Contraintes et risques
Des déplacements sont possibles pour la collecte d'échantillons sur le terrain ou pour assister à des réunions scientifiques afin de valoriser les résultats.