Ingénieur données de simulations de dynamique moléculaire (h/f)

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur données de simulations de dynamique moléculaire (H/F)
Référence : UPR9080-PIEPOU-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mardi 15 avril 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : environ 2800 € brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

- Concevoir un catalogue de données des simulations de dynamique moléculaire.
- Implémenter des outils pour la gestion et l’accès aux données de ce catalogue.
- Contribuer à l’enrichissement et à la normalisation des métadonnées du catalogue.
- Assurer l’intégration de ce catalogue dans l’écosystème du projet européen LUMEN, qui a pour objectif l’exploration et la découverte des produits de la recherche.

Activités

- Collecter, centraliser et standardiser les métadonnées associées aux simulations de dynamiques moléculaires depuis des entrepôts de données généralistes (Zenodo, Figshare), des bases de donnéesspécialisées (NOMAD, ATLAS, GPRCRmd…) et la littérature scientifique.
- Concevoir un catalogue de données interrogeable par interface web et API
- Veiller à interopérabilité de ce catalogue de données avec la plateforme d’exploration des produits de la recherche développée dans le cadre du projet européen LUMEN.
- Enrichir les métadonnées par des techniques de fouille de données et d’intelligence artificielle (classification, Named Entity Recognition)

Compétences

Techniques
- Connaissance des méthodes, logiciels et protocoles en dynamique moléculaire.
- Expérience en traitement de données et de texte (machine learning, NLP) et des bibliothèques Python associé (scikit-learn, NLTK, spaCy)
- Maîtrise du développement logiciel en Python (bonnes pratiques, gestion de version, documentation, tests)
- Expérience en bas de données relationnelles (SQLite)
- Connaissances en API et web scraping.
- Usage d’artefacts sémantiques (ontologies, taxonomies).
- Connaissance des standards du web sémantique
Interpersonnelles et communication
- Bonne communication pour la collaboration interdisciplinaire.
- Capacité à vulgariser des concepts complexes.
- Esprit d’équipe, adaptabilité.
- Maîtrise de l’anglais.
Comportementales
- Curiosité scientifique, appétence pour les nouvelles technologies.
- Rigueur, sens de l’organisation, autonomie.
- Capacité à gérer plusieurs priorités.

Contexte de travail

Cette offre d’emploi d’inscrit dans le cadre du projet LUMEN, financé par l’Union européenne, visant à transformer la manière dont la recherche est produite, partagée et utilisée. Le domaine scientifique concerné ici est la dynamique moléculaire, en lien avec d'autres disciplines (mathématiques, SHS, sciences du système Terre). Le travail se fera au sein d’un consortium international, avec de nombreuses interactions avec des chercheurs et spécialistes de la donnée dans un cadre pluridisciplinaire.

Contraintes et risques

- Nécessité d’une maîtrise des outils techniques pointus, en particulier dans l’automatisation et la gestion des métadonnées.
- Capacité à s’adapter à des données hétérogènes, à des standards en évolution, et à des contraintes d’intégration dans un écosystème large.
- Responsabilité dans la qualité et la cohérence des données exposées à la communauté scientifique.