Technicien-ne microbiologiste

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'équipe Ecologie et Génétique des interactions Plantes-Microbiotes-Bioagresseurs (PMB) au sein de l'Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (UMR IGEPP) du centre INRAE Bretagne-Normandie sur le site de Le Rheu. Les objectifs de l'équipe PMB sont de produire des connaissances sur (i) la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés d'organismes associées aux racines des plantes (microbiotes (bactéries, champignons, protistes) et nématodes), (ii) les bases fonctionnelles des interactions entre plantes-microbiotes et différents bioagresseurs racinaires et (iii) les bases génétiques et d'adaptation des interactions plante-microbiotes-bioagresseurs.
Sous la responsabilité directe d'un chargé de recherche et dans le cadre de projets en cours vous participerez à la mise en place de méthode de validation fonctionnelle des gènes microbiens impactant la santé des plantes. Vous aurez en charge les activités de génétique microbienne et d'écologie moléculaire concernant à la fois les études de diversité microbienne (fonctionnelle et taxonomique) et d'analyse fonctionnelle du microbiote associé aux plantes. Vous serez amené à participer à l'identification et la validation de gènes microbiens impliqués dans les interactions au sein du microbiote (interactions microbe-microbe) et au sein des interactions plante-microbiote-bioagresseur. Ces études seront réalisées sur des souches candidates et des communautés microbiennes simplifiées (communautés synthétiques); elles impliqueront un travail en lien étroit avec plusieurs scientifiques de l'équipe. Vous aurez en charge de mettre en oeuvre les analyses moléculaires des communautés microbiennes (bactéries et champignons) issues d'expérimentations en laboratoire ou d'origine naturelle issues d'expérimentations aux champs.
Il s'agira plus précisément de s'impliquer et mettre en oeuvre les techniques suivantes :
Dans le cadre de l'identification et validation de gènes microbiens:
- réaliser des constructions dans différents vecteurs et de la mutagénèse ciblée sur des gènes préalablement identifiés,
- gérer les collections de souches mutées et de vecteurs,
- prendre en charge la caractérisation phénotypique et génomique des souches mutantes,
- suivre les évolutions techniques en lien avec les approches de mutagénèse ciblée et aléatoire des microorganismes (bactéries et champignons),
- participer au développement de nouveaux protocoles d'édition de génomes microbiens (librairies de mutants transposon, adaptation de CRIPSR-CAS9),
- participer, à l'échelle de l'unité, à l'organisation collective des laboratoires de biologie moléculaire et de microbiologie
Dans le cadre des études de diversité microbienne taxonomique et fonctionnelle :
- extraction et purification d'acides nucléiques (ADN/ARN) de souches et d'environnements complexes,
- préparation de librairies pour le séquençage massif (déplétions / soustractions, PCR, purification, multiplexages, contrôles qualités) d'ADN / ARN,
- quantification de l'abondance des communautés, populations ou gènes d'intérêts par qPCR et RT-qPCR,
- élargissement à court terme à la préparation et mise en oeuvre de séquençage de génomes bactériens complets

Des déplacements en France et à l'étranger seront possibles pour apprendre et se former à de nouvelles techniques maitrisées dans des laboratoires partenaires.
Au regard de la réglementation, le matériel biologique muté produit sera manipulé en laboratoire de microbiologie et dans les installations expérimentales confinés de type L2/S2.

Formations et compétences recherchées

Baccalauréat, BP, BT

Formation souhaitée: Génétique microbienne, microbiologie et biologie moléculaire moyen débit appliquée aux microorganismes.
Techniques de génétique fonctionnelle chez les bactéries et champignons : clonage et mutagénèse ciblée ou aléatoire de gènes microbiens, extraction

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :
- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler
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Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr