L’Institut des Agents Infectieux regroupe les activités de Virologie, Bactériologie et Parasitologie Mycologie en plateaux technologiques de biologie moléculaire, sérologie, et en secteurs conventionnels. À cela, s’ajoutent 4 Centres Nationaux de Référence de Bactériologie et de Virologie. L'IAI est situé sur le site de l'hôpital de la Croix Rousse.
Le Centre National de Référence des Staphylocoques pour lequel cet emploi est à pourvoir, assure les missions définies par le décret n° 2016 806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles. Il réalise des analyses spécialisées afin de répondre aux missions d’expertise, de conseils, de contribution à la surveillance épidémiologique et d’alerte en lien avec la résistance et la virulence des staphylocoques qui lui sont confiées par Santé Publique France.
Les missions de votre futur poste :
1. Amélioration continue des outils d’analyses génomiques du CNR selon l’évolution des besoins de surveillance (volume de données croissant, adaptation aux espèces aureus et non-aureus) et des connaissances existantes (modification des pratiques des équipes HCL manipulant des données de séquençage d’organismes procaryotes et eucaryotes, revue bibliographique régulière).
2. Développement de nouveaux outils d’analyses génomiques adaptés aux projets du CNR (automatisation des analyses de phylogénie bactérienne pour une surveillance trimestrielle des complexes clonaux prédominants ou émergents, meilleure caractérisation des éléments génétiques mobiles tels que les plasmides et prophages).
3. Rédaction de comptes rendus d’analyses génomiques à destination des biologistes pour les investigations d’épidémies, caractérisation de mécanismes de virulence ou résistance bactérienne atypiques.
4. Participation à la démarche continue d’accréditation des outils existants et à développer : rédaction de dossier de validation de méthodes, procédures, gestion des mises à jour, formation du personnel du CNR.
5. Interactions avec les collaborateurs du CNR pour la coordination de programmes d’échanges interlaboratoires.
6. Interlocuteur des fournisseurs et prestataires pour la gestion des problèmes techniques liés à ces activités.
7. Gestion et maintenance de la base de données de séquences génomiques (souches du CNR, données des bases publiques internationales).
8. Participation à la rédaction des comptes rendus d’activités à destination de SPF.
9. Participation à la communication du CNR incluant le site internet et autres actions.
Profil recherché :
1. Niveau BAC +5.
2. Expérience en microbiologie exigée.
3. Expérience dans la mise en oeuvre et le maintien à niveau de pipelines d’analyses bio-informatiques.
4. Expérience dans les analyses épidémiologiques et phylogéographiques.
5. Expérience de l’utilisation des outils statistiques.
6. Maitrise d’un ou plusieurs langage(s) de programmation (Python ou R, Bash) et d’outil(s) gestionnaire(s) de flux (Nextflow).
7. Maitrise des outils de données de séquençage de génome complet de bactéries (traitement des données brutes « short-reads » et « long-reads », annotation, typage MLST, détection de gènes de virulence et résistance, phylogénie).
8. Connaissances pratiques et théoriques indispensables sur les staphylocoques.
9. Expérience de la norme ISO 15189.
10. Connaissance en biostatistiques.
11. Capacité à discuter avec différents professionnels (biologistes, TLBM, secrétaires, bio-informaticien, support technique fournisseurs).
12. Connaissance de l’anglais technique et scientifique (niveau B2/C1) ; capacité de rédiger des articles scientifiques.
13. Connaissances des règles d’hygiène et de sécurité au travail.
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