Stage m2 - imagerie de la cellule adipeuse & analyse bio-info

Stage M2 - Imagerie de la cellule adipeuse & Analyse Bio-Info

Stage·Stage M2·6 mois·Bac+5 / Master·Equipe AdipoLive - Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC) - INSERM U1297·Toulouse (France)

Date de prise de poste : 20 janvier 2025

Adipocyte - Taille cellulaire - Gouttelette Lipidique - Segmentation - Entrainement - Analyse multi-variées - Python

L’objectif de ce stage de M2 est double :

1. Poursuivre la mise au point et le développement d’un outil d’intelligence artificielle pour obtenir des données fiables et robustes de taille adipocytaire et de GL, au niveau tissulaire et cellulaire à grande échelle.
2. Déterminer par des outils d’analyses multivariées la contribution de la taille des GLs au métabolisme cellulaire, tissulaire et systémique.

Objectif 1 : Perfectionnement d’un outil de dimensionnement automatisé des gouttelettes lipidiques

L’équipe AdipoLive a initié au cours d’un stage M1 en 2024 un modèle pour l’algorithme de segmentation Cellpose permettant la détection automatisée des GL des TA blanc et brun à partir de scans de tissus entiers. L’inférence de ce modèle permet d’obtenir des données précises et exhaustives pour une large gamme de tailles de GL.

Objectif 2 : Quels sont les déterminants adipeux du dysmétabolisme ?

Nous avons réalisé des analyses histologiques de la taille d’adipocytes de TA blancs. Les données multidimensionnelles sont prêtes à être analysées par des outils d’intégration de données et d’analyse multivariées. L’étudiant(e) de M2 effectuera :

1. Des analyses bio-informatiques et biostatistiques sur les données morphométriques, « omiques » et phénotypiques.
2. Des analyses génomiques / génotypiques pour établir une liste de gènes ou polymorphismes liés à l’hypertrophie adipocytaire.

L’ensemble des résultats obtenus nous permettra de :

* Finaliser un outil permettant de déterminer avec précision la taille et la distribution des GL d’un tissu soumis à différentes conditions physiologiques.
* Collecter des données pour approfondir le lien causal entre taille adipocytaire et dysfonction métabolique liée à l’obésité.

Références bibliographiques éventuelles :

Précisions sur les techniques utilisées et/ou les compétences requises :

* Analyses histologiques & Imagerie
* Analyse de larges données & Langage de programmation (Python)

Procédure :

Etienne Mouisel

etienne.mouisel@inserm.fr

Offre publiée le 30 août 2024, affichage jusqu'au 20 novembre 2024

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