Une opération de maintenance est prévue sur le serveur de la SFBI les 3 et 4 mars 2025. Cette opération pourra entraîner des interruptions de service.
Stage en bioinformatique structurale des complexes ARN-protéine
L'équipe CAPSID au LORIA (CNRS-INRIA-UL, Nancy) s'intéresse à la modélisation 3D des interactions protéine-ARN, et à la flexibilité mise en jeu lors de ces interactions.
Les protéines sont souvent décrites en termes de domaines structurels, qui constituent des unités de repliement et de fonction. Une protéine peut être composée de plusieurs domaines reliés par des segments flexibles ou des charnières (hinges). Ces éléments permettent aux domaines de réarranger leurs positions tridimensionnelles relatives, notamment lors de l'activation de la protéine et/ou de sa liaison à une autre protéine ou à un ARN.
L'équipe Arob@s au Laboratoire IBISC (Evry) a récemment proposé un descripteur et un prédicteur des domaines structuraux de l'ARN, basé sur ses structures 2D et 3D. Nous souhaitons examiner si, comme chez les protéines, ces domaines constituent généralement des unités rigides dans les changements de conformation globale de l'ARN lors de sa liaison à une protéine, voire à d'autres ligands.
Après une brève étude bibliographique sur le sujet, le plan de recherche consiste à réaliser, et à automatiser autant que possible, les étapes suivantes :
1. Récupérer toutes les occurrences de structures liées et non liées du même ARN (ou d'ARN très similaires) dans la PDB ;
2. Appliquer le descripteur des domaines de l'ARN développé par Arob@s ;
3. Effectuer des superpositions 3D de chaque domaine dans ses états lié et non lié ;
4. Identifier les charnières entre les domaines de l'ARN ;
5. Analyser dans quelle mesure les frontières entre domaines coïncident avec des charnières impliquées dans les mouvements globaux.
Une expérience en visualisation et manipulation de structures 3D de protéines et/ou ARN est vivement souhaitée.
Procédure : Envoyer une lettre de motivation et un CV.
Offre publiée le 28 février 2025, affichage jusqu'au 2 juin 2025.
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