Ingénieur-e d'étude en séquençage ngs (h/f)

Ingénieur-e d'étude en séquençage NGS (H/F)

Date Limite Candidature : mercredi 4 décembre 2024 23:59:00 heure de Paris
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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur-e d'étude en séquençage NGS (H/F)
Référence : UMR5242-BENGIL-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mercredi 13 novembre 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2372€ bruts mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 6 - (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée : 5 à 10 années
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques.


Missions

Avec une expérience avérée du séquençage haut-débit, cette personne devra adapter et mettre en œuvre les techniques spécialisées de séquençage NGS (en particulier sur plateforme Illumina NextSeq500 et MinION) pour réaliser des projets de la plateforme. L'IE optimisera et utilisera ces techniques aux différentes étapes des projets : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques), à la construction des banques et jusqu’à l'acquisition des données de séquençage à haut débit. En particulier, elle devra maîtriser le bon fonctionnement des différents équipements spécifiques au séquençage NGS (des outils de quantification et qualification des acides nucléiques aux séquenceurs). Elle mettra en œuvre toute mesure nécessaire au bon fonctionnement général de la plateforme en étant amené(e) à assumer des responsabilités d'intérêt collectif (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central et les fournisseurs). Elle aura des interactions avec les autres membres de l'équipe, les services communs et des interlocuteurs extérieurs. Elle aura un rôle important pour l'organisation de l'équipe, en tant que soutien technique.


Activités

- Participer à la réalisation des projets scientifiques et aux développements technologiques de la plateforme ;
- Gérer et conduire de façon autonome des projets de séquençage de routine ;
- Rédiger les compte-rendus des expérimentations réalisées et les fichiers de synthèse des résultats obtenus ;
- Avoir une approche critique pour présenter les résultats afin d'en garantir la qualité ;
- Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués ;
- Gérer les moyens techniques et participer à la gestion et l'organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements) ;
- Assister les utilisateurs dans l'utilisation des équipements spécifiques de la plateforme ;
- Suivre les évolutions scientifiques et technologiques dans le domaine des NGS, se former pour les mettre en œuvre ;
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme.


Compétences

- Expérience professionnelle et connaissances solides en NGS (expérience supérieure à 4 ans) ;
- Maîtriser les techniques de base et spécialisées de biologie moléculaire : préparation et contrôle qualité des acides nucléiques (extraction, quantification et qualification), PCR, RT-PCR, construction et qualification des banques NGS, séquençage NGS ;
- Maîtriser le séquençage sur plateformes Illumina (MiSeq, NextSeq500) et Oxford Nanopore Technologies (Mk1c) ;
- Maîtriser les protocoles de séquençage d’analyse sur cellule unique serait un plus ;
- Maîtriser l’utilisation des séquenceurs et les équipements périphériques ;
- Capacité à adapter des protocoles existants dans le cadre d'un projet scientifique ;
- Connaissance des règlementations du domaine en hygiène et sécurité et BPL. Une sensibilité du management de la qualité serait un plus ;
- Bonne connaissance des outils bureautiques et informatiques pour l'enregistrement des données, le pilotage d'appareils et pour la gestion des données acquises ;
- Savoir-faire pour communiquer les résultats sous forme de rapports et/ou de restitution orale ;
- Très bonne aptitude relationnelle permettant de travailler avec un large panel d'interlocuteurs ;
- Anglais scientifique niveau B1 (cadre européen commun de référence pour les langues) ;
- Autonomie dans les projets de routine.


Contexte de travail

L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d’ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l’IGFL, http://igfl.ens-lyon.fr/offres-et-technologies/platforms/sequencing-platform). Aujourd’hui, active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNA-seq, WGS-seq, ATAC-seq, BS-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Dual RNA-seq, sc/snRNA-seq & ATACseq, miRNA-seq, Amplicons-seq, ...), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (ie NGS short-reads : Illumina NextSeq 500 et Miseq; NGS long reads : ONT PromethION et Mk1c; Single Cell : 10X Genomics Chromium iX, Parse Biosciences Evercode, BD Biosciences Rhapsody, ...). Pour poursuivre son développement et répondre aux besoins croissants de séquençage des utilisateurs académiques et privés, la plateforme recherche un-e Ingénieur-e d’Étude (IE), expert-e du domaine de séquençage NGS.

Cette personne sera placée sous la responsabilité directe des responsables scientifiques et techniques de la plateforme NGS, Sandrine Hughes et Benjamin Gillet, et dépendra administrativement de la direction de l’IGFL.

La personne recrutée devra interagir avec les membres de la plateforme et les différents utilisateurs, qu’ils soient membres de l’IGFL ou extérieurs (large panel d’interlocuteurs : chercheurs statutaires, post-doctorants, étudiants, personnels techniques).


Contraintes et risques

Risques inhérents au travail en laboratoire de biologie moléculaire.
Travail occasionnel en milieu confiné et/ou isolé.

#J-18808-Ljbffr