Ingénieur(e) en bioinformatique – petits arn et régulation des éléments transposables

Ingénieur(e) en bioinformatique – petits ARN et régulation des éléments transposables

CDD·IE·10 mois (renouvelable) Bac+5 / Master InforBIO, Sorbonne Université·Paris (France)

Date de prise de poste : 1 avril 2025

La plateforme de bioinformatique InforBio recherche un(e) ingénieur(e) d’étude pour un CDD de 10 mois (renouvelable jusqu'à 18 mois). L’ingénieur(e) aura à charge le suivi d’un projet sur de petits ARN, en étroite collaboration avec l’équipe Transgenerational Epigenetics & small RNA biology de l’IBPS à Sorbonne Université, et pourra s’impliquer dans différents projets de la plateforme en fonction de son profil.

Les ARN interagissant avec Piwi (Piwi-interacting RNA, piRNA) sont de petits ARN impliqués dans le contrôle des éléments transposables. La plupart des piRNA sont regroupés en clusters sur le génome, majoritairement localisés dans des régions riches en répétitions ou dans les régions intergéniques. Le projet a pour but d’étudier la formation de ces clusters.

Missions principales

1. L’analyse des données transcriptomiques et génomiques obtenues par séquençage ARN.
2. Le développement et l’optimisation de pipelines bioinformatiques pour l’identification et l’analyse des clusters piRNA.
3. L’intégration des données épigénomiques et transcriptomiques pour comprendre les mécanismes d’activation des clusters piRNA.
4. La collaboration avec les biologistes pour interpréter les résultats dans un contexte fonctionnel.

Compétences :

1. Maîtrise des outils et langages de programmation couramment utilisés en bioinformatique (Python ou R, Bash).
2. Expertise dans le traitement de données NGS, en particulier transcriptomiques (RNA-seq, petits ARN) et épigénomiques (ChIP-Seq).
3. Manipulation des fichiers BAM, outils d’alignement (Bowtie).
4. Connaissance des bases de données génomiques (ENSEMBL, UCSC, etc.) et des outils d’annotation de génomes.
5. En plus : expérience avec les outils pour l’analyse des modifications d’ARN et expertise en génétique moléculaire.
6. Capacité à collaborer avec des biologistes et des bioinformaticiens.
7. Sens de l’organisation et capacité à gérer des projets avec des délais définis.
8. Master ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle.
9. Intérêt pour les questions de biologie des génomes et des éléments transposables.
10. Une expérience antérieure dans un projet lié aux petits ARN ou à l’épigénétique serait un atout.

Procédure : Pour postuler, rendez-vous sur le portail emploi du CNRS.

Offre publiée le 27 janvier 2025, affichage jusqu'au 1 avril 2025.

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