MEDITWIN est un projet qui associe partenaires académiques et industriels. Il vise à proposer des jumeaux virtuels personnalisés des organes, du métabolisme, des tumeurs cancéreuses, pour mieux diagnostiquer et mieux soigner. Avec MEDITWIN les médecins pourront en particulier simuler les scénarios thérapeutiques pour chaque patient.
Le poste ci-dessous concerne une thèse de doctorat ayant pour objectif le développement d’avatars numériques de cancer afin de modéliser la biologie d’un patient donné et dans la perspective de proposer une thérapie personnalisée. Plus spécifiquement, il s’agit de concevoir et implémenter des méthodes numériques permettant de modéliser le comportement d’organoïdes issus de la culture de biopsies tumorales. L’activité de modélisation sera conjuguée à la production de données par la plateforme organoïdes de l’Institut Hospitalo-Universitaire Gustave Roussy. Les modèles produits seront simulés pour tester numériquement des hypothèses de réponse à des traitements qui seront ensuite validées expérimentalement sur cette plateforme.
Vous travaillerez au sein de Dassault Systèmes où vous bénéficierez du savoir-faire et des outils de biologie des systèmes précédemment développés. Vous intégrerez BIOVIA Bioknowledge qui est en charge du développement de plusieurs applications et services utilisant des capacités de modélisation et simulation dans le domaine des sciences de la vie. L’équipe est multidisciplinaire et comprend des développeurs, biologistes, mathématiciens et responsable de produit. Par ailleurs, vous serez co-encadré.e par un chercheur de l’Institut Gustave Roussy qui apportera son expertise en oncologie et contribuera à la production de données à travers la plateforme expérimentale Organoïdes.
Vos missions :
Dans le cadre de ce doctorat vous devrez :
* Développer un prototype d’outil de modélisation du comportement d’organoïdes de tumeur (jumeaux virtuels de tumeurs) qui rend compte des observations cliniques et/ou phénotypiques,
* Imaginer et concevoir des algorithmes de modélisation et de simulation mécanistique de voies de signalisation du cancer à l’échelle cellulaire mais également à l’échelle tissulaire afin de prendre en compte l’hétérogénéité et l’interactivité des cellules tumorales au sein des cultures organoïdes,
* Implémenter et appliquer ces méthodes sur des jeux de données expérimentaux pour produire et valider des modèles,
* Utiliser ces modèles pour proposer de nouvelles hypothèses quant à la mécanique tumorale et/ou cribler des thérapies ciblées à l’échelle d’un patient ou sous-groupe de patient,
* Contribuer à assurer la cohérence du projet en s’assurant de la synergie entre les moyens mis en œuvre par le partenaire académique et le partenaire industriel,
* Documenter les méthodes et le code informatique produit, protéger par brevet, dans l’objectif de faciliter la mise en œuvre ultérieure d’une application commerciale.
Vos qualifications :
Vous avez validé un diplôme de niveau BAC+5, Ecole d’Ingénieur ou Master Universitaire,
Vous avez une spécialisation en Mathématiques Appliquées
Vous maitrisez les concepts de théorie des graphes, de modélisation et simulation diverses et êtes à l’aise avec l’analyse de données
Vous avez une expérience en modélisation booléenne, modélisation à base d’équations différentielles ordinaires, ou encore systèmes multi-agents, de préférence dans le cadre d’une application à des réseaux biologiques (réseaux de gènes, voies métaboliques, cascades de signalisation cellulaire)
Vous avez de bonnes bases en programmation Python et avez déjà implémenté des algorithmes complexes pour la réalisation de prototypes fonctionnels
Vous savez comprendre et concilier les objectifs de partenaires académiques et industriels réunis au sein d’un même projet
Vous êtes curieux.se, autonome, rigoureux.Se, opiniâtre et passionné.e par les nouvelles technologies
Votre niveau d’anglais est courant afin de pouvoir communiquer avec les différentes équipes et lire la documentation scientifique et technique
Nous rejoindre c'est aussi
Intégrer une entreprise scientifique au cœur de l’innovation technologique, portée par une forte croissance depuis plus de 40 ans.
Principaux avantages et bénéfices :
Environnement multiculturel
Cadre de travail convivial axé sur le bien-être et la santé (salles de sport & de musique, conciergerie…)
Engagement en faveur de la diversité et de l’inclusion
Politique dynamique de développement de carrière : plan de formation, mobilités internes, etc
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