Thèse caractérisation fonctionnelle d'un nouveau facteur d'hibernation du ribosome chez une archaea hyperthermophile marine h/f

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.

www.ifremer.fr Date de clôture de réception de candidatures : 19/05/2025

Qui sommes-nous ?

Vous serez basé.e au laboratoire de Biologie et Écologie des Écosystèmes Profonds (BEEP, Ifremer, Brest), un centre de renommée internationale en microbiologie des Archées hyperthermophiles. Le laboratoire offre des équipements de pointe pour la génétique microbienne, la protéomique et l'enzymologie, y compris des bioréacteurs à haute température et haute pression, des chambres de culture anaérobies, de la cytométrie en flux, des équipements HPLC et FPLC. Vous serez intégré.e dans un consortium de recherche interdisciplinaire et collaboratif (BIOC, École Polytechnique, Palaiseau, Emmanuelle Schmitt, experte en traduction et biologie structurale des Archées ; Groupe RNARCHAEA, Université de Toulouse, Marie Bouvier, spécialiste de la biologie des ARN des Archées et des approches omiques, EBMC, Institut Pasteur, Paris, Guillaume Borrel, expert en génomique comparative, phylogénomique) avec des opportunités de formation, de visites de recherche dans les laboratoires partenaires, de participation à des conférences et de collaborations internationales.

Quel est le sujet de la thèse ?

Caractérisation fonctionnelle d'un nouveau facteur d'hibernation du ribosome chez une archaea hyperthermophile marine.

La synthèse des protéines est l'un des processus les plus énergivores dans la cellule, et sa régulation est cruciale en conditions de stress. Chez les Archées, l'hibernation des ribosomes - une inactivation réversible des ribosomes - reste largement inexplorée. Notre laboratoire a récemment identifié un nouveau facteur d'hibernation, HIB, qui relie la régulation de la traduction au métabolisme énergétique en interagissant à la fois avec les ribosomes et les enzymes métaboliques. Des données préliminaires ont révélé qu'une souche mutante délété du gène codant pour ce facteur, chez une archaea marine (Thermococcus barophilus) présente une reprise de croissance altérée et des profils ribosomiques modifiés, suggérant un rôle central de HIB dans l'adaptation au stress. Travailler sur des Archées marines profondes associées aux sources hydrothermales est essentiel pour comprendre les mécanismes de régulation du métabolisme et de la réponse au stress dans des conditions extrêmes de température, pression et disponibilité en nutriments, offrant ainsi un modèle unique pour explorer la biologie cellulaire et les processus énergétiques fondamentaux.

Quelle sera votre mission ?

Vous contribuerez à mieux comprendre comment les archaea, des micro-organismes vivant dans des environnements extrêmes, adaptent leur métabolisme et leur machinerie de production des protéines en réponse au stress. En explorant le rôle d'un nouveau facteur de dormance des ribosomes, HIB, et son lien avec une enzyme clé du métabolisme, cette thèse vise à révéler des mécanismes fondamentaux de régulation biologique encore largement inconnus. Votre travail de doctorat s'inscrit dans une démarche interdisciplinaire à l'interface entre microbiologie, biochimie et biologie des systèmes, avec l'ambition de faire progresser nos connaissances sur la plasticité cellulaire, l'adaptation au stress, et l'évolution des stratégies de survie dans le vivant.

Quelles seront vos activités ?

Ce projet de thèse, réalisé au laboratoire BEEP d'Ifremer, se concentrera sur :
- La caractérisation phénotypique de la souche mutante hib par rapport aux souches sauvages sous conditions physiologiques et de stress (cinétiques de croissance, viabilité, tests de luciférase, Western blot).
- Une analyse transcriptomique et protéomique comparative des souches sauvages, hib, et des souches mutantes déficientes en enzymes métaboliques ciblées pour identifier les voies affectées.
- Des tests enzymatiques in vitro pour caractériser l'impact de HIB sur les principales enzymes métaboliques, en fonction de différentes charges énergétiques (ATP/ADP/AMP).

Comment se déroulera votre activité ?
- 100%. Télétravail possible