Assistant-e ingénieur-e en analyse de données d'imagerie cellulaire (h/f)

Job details
Job Type
Full-time
Temporary
Contract




Full Job Description

Date Limite Candidature : vendredi 9 juillet 2021
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Informations générales
Référence : UMR5095-ISANIC-006
Lieu de travail : BORDEAUX
Date de publication : vendredi 18 juin 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 13 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 1930 € et 2061 € brut mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+2
Expérience souhaitée : 1 à 4 années


Missions
Au sein de l'équipe “Computational Biology and Bioinformatics et en coordination avec la responsable, l' assistant-e-ingénieur-e en analyse d'imagerie cellulaire contribuera au projet de concevoir de nouvelles approches de deep learning pour l'analyse des images cellulaires, en particulier en imagerie fluorescente, avec les missions suivantes :
– Choisir, adapter et développer de nouvelles stratégies d'analyse de données d'imagerie cellulaire
– Participer au fonctionnement général de l'équipe
– Participer à la maintenance du serveur GPU
Activités- Développement de solutions sous le framework Keras / Tensorflow
- Mise en place de méthodes d'intelligence artificielle pour l'amélioration du signal dans les données d'imagerie cellulaire 3D
- Développement d'algorithmes de détection de spots mRNA en Python (Keras / Tensorflow)
- Développer des « workflows » et des outils pour l'analyse statistique d'images
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans le domaine d'analyse de données de microscopie
- Diffuser et valoriser les résultats et développements technologiques via des rapports, publications et présentations orales
Compétences- Etre familier avec les techniques de microscopie cellulaire,
- Maitriser le développement en Python,
- Compétences en analyse d'images,
- Connaissance des frameworks classiques du Deep Learning
- Maitrise des statistiques appliquées en biologie et à l'analyse d'images. Une connaissance des analyses statistiques des données de microscopie de molécules uniques (analyse statistique de clusters: fonction de K-Ripley, diagramme de Voronoi...) serait un plus.
Contexte de travail
L'UMR IBGC comprend environ 80 personnes. L'institut est idéalement situé sur le campus Carreire de l'université de Bordeaux, avec accès aux transports en commun (ligne de tramway à proximité).
L'assistant-e ingénieur-e travaillera sous la direction de Macha Nikolski, au sein de l'équipe “Computational Biology and Bioinformatics” qui s'intéresse aux méthodes d'integration de données omiques et d'imagerie. Nous avons notre propre cluster GPU et avons également accès au Mésocentre de Calcul de la Nouvelle Aquitaine. Le projet de recherche sera mené dans le cadre d'une collaboration avec l'IINS.

Les approches basées sur la localisation de molécules individuelles offrent la possibilité d'étudier l'organisation et la dynamique de molécules fluorescentes (mRNA, protéines) avec des résolutions pouvant atteindre quelques nanomètres. Dans le cadre de ce projet, nous proposons de développer de nouvelles méthodes d'Intelligence Artificielle pour le “signal enhancement” afin d'automatiser la détection et la localisation de ces molécules. L'objectif est de délivrer un prototype logiciel utilisable et distribuable dès la fin du projet. Un tel logiciel constituera une véritable innovation dans le domaine d'analyse de l'imagerie cellulaire et sera facilement valorisé au sein de la communauté scientifique.
Contraintes et risques
Travail sur ordinateur