Ingénieur-e biologiste en analyse de données (isbg) h/f

Ingénieur-e biologiste en analyse de données (ISBG) H/F

Date Limite Candidature : jeudi 16 janvier 2025 00:00:00 heure de Paris


Informations générales

Réservé uniquement aux agents CNRS (fonctionnaires et CDI)
Intitulé de l'offre : Ingénieur-e biologiste en analyse de données (ISBG) H/F
Référence : UAR3518-MOBINT-J53027
Lieu de travail : GRENOBLE
Institut : INSB - Institut des sciences biologiques
Date de publication : mercredi 4 décembre 2024
Session : Campagne Hiver 2025
Groupe de Fonction : IRG2
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données


Missions

L'ingénieur-e biologiste en analyse de données aura pour mission principale de développer et de maintenir l'environnement informatique de la ligne de lumière FIP2 opérée par l'IBS (Institut de Biologie Structurale) à l'ESRF (European Synchrotron Radiation Facility) afin d'enregistrer et d'analyser tous les types de données expérimentales enregistrées sur la ligne, essentiellement de diffraction mais aussi de spectroscopie optique, à température cryogénique mais surtout à température ambiante pour des expériences résolues en temps renseignant sur la dynamique des protéines. Enfin, il/elle implémentera sur la ligne des méthodes d'analyse de données basées sur l'intelligence artificielle.


Activités

Recueil des données expérimentales
- Développer, adapter et mettre à jour les logiciels de contrôle d'une ligne de cristallographie macromoléculaire MXCuBE commun à la plupart des synchrotrons européens, et la sous-couche logicielle de contrôle des moteurs BLISS commune à toutes les lignes de l'ESRF. Certains développements spécifiques à la ligne seront mis à disposition de la communauté des développeurs.
- Intégrer dans l'architecture de la ligne des nouveaux instruments répondant à l'évolution des besoins de la communauté d'utilisateurs (haute pression, microfluidique, expériences résolues en temps).

Analyse et archivage des données expérimentales
- Assurer le bon déroulement de l'enregistrement des données et des métadonnées pour leur mise à disposition auprès des utilisateurs et du public suivant le principe FAIR (Findability, Accessibility, Interoperability and Reusability) adopté par l'ESRF à travers la base de données ISPyB accessible via l'outil web EXI, qui assure également la traçabilité de chaque échantillon reçu puis mesuré. L'ensemble rentre dans la démarche qualité de l'instrument.

Développements de méthodes basées sur l'intelligence artificielle
- Mettre à disposition des utilisateurs de la ligne et développer des outils d'analyse de données de diffraction à température ambiante, éventuellement résolues en temps, potentiellement basées sur l'intelligence artificielle, en assurant l'interfaçage avec ISPyB.
- Utiliser les méthodes basées sur l'intelligence artificielle pour rendre l'alignement du faisceau de rayons X tout au long de la ligne optique, et l'enregistrement des données de diffraction classique (montage échantillon, centrage par reconnaissance d'image, stratégie d'enregistrement des données), indépendants de l'intervention humaine.

Assurer une veille technologique
- Assurer le développement et le maintien des sites web à l'ISBG, l'IBS et l'ESRF permettant de promouvoir l'utilisation de la ligne.


Compétences

Savoirs :
- Expertise dans le recueil, l'analyse et le traitement de données de cristallographie aux rayons X.
- Maitrise en langages de programmation (Python, C++), bases de l'instrumentation scientifique.
- Expertise en méthodologie de conduite de projet.
- Anglais technique, professionnel, niveau C1 minimum (cadre européen commun de référence pour les langues).

Savoir-faire :
- Connaissances approfondies de l'utilisation des logiciels de cristallographie (XDS, CCP4, Phenix), programmation de logiciel de contrôle d'instrument (interfaçage réseau, connaissance des protocoles de communication avec les différentes composantes de ligne).
- Aisance verbale pour la rédaction de documents techniques et la diffusion du savoir-faire de la ligne lors de présentations orales à des conférences.

Savoir-être :
- Capacité de conceptualisation.
- Capacité de décision.
- Esprit d'équipe et bon relationnel.
- Forte capacité de collaboration avec les autres membres de l'équipe aux compétences complémentaires (échange et partage d'informations) et avec les utilisateurs (recueil de leurs besoins en termes de données expérimentales pour les conseiller au mieux dans la démarche expérimentale puis lors de l'analyse des résultats).


Contexte de travail

L'Integrated Structural Biology Grenoble (ISBG https://www.isbg.fr/) est une unité d'appui et de recherche (CNRS, CEA, UGA et EMBL) située sur le polygone scientifique de Grenoble, assurant la gestion des 10 plateformes de l'Institut de Biologie Structurale (IBS https://www.ibs.fr/), lui-même acteur d'envergure nationale et internationale dans le domaine de la biologie structurale intégrée, un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux.

La FIP2 (ligne de lumière française pour l'Investigation des Protéines) est située sur une section BM07 de l'ESRF. Elle est une ligne de lumière dédiée à la cristallographie macromoléculaire. Construite pour faciliter la détermination des structures de novo, la ligne a constamment été à l'avant-garde des développements technologiques en matière d'automatisation basés sur l'utilisation de la robotique, notamment pour la diffraction in situ.

Il /elle intègrera le groupe Synchrotron (GSY) de l'IBS auquel est adossé la plateforme FIP2. Ce groupe est localisé sur 2 sites (IBS et ESRF) et est composé de 11 personnes titulaires ou contractuelles (chercheur, enseignant-chercheur, doctorant, ingénieur). Il/elle sera placé-e sous la responsabilité hiérarchique du directeur de l'ISBG et sous la responsabilité fonctionnelle et scientifique du responsable de la plateforme FIP2.

Il/elle travaillera en horaire de journée en semaine (du lundi au vendredi) et pourra être amené-e à intervenir exceptionnellement le week-end (astreintes qui feront l'objet d'une compensation sous forme indemnitaire ou de temps de repos) ou à effectuer des déplacements professionnels. L'exercice d'une partie de l'activité en télétravail sera autorisé, à hauteur d'une journée maximum par semaine, en entente avec les membres du groupe et selon les nécessités de service de la ligne.

Des formations pourront être proposées à la prise de fonction afin de compléter ses connaissances.

#J-18808-Ljbffr