Ingénieur-e en bioinformatique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité mixte de recherche Génétique Quantitative et Evolution – le Moulon (GQE) https://moulon.inrae.fr/ conduit des programmes de recherche visant à comprendre les bases génétiques et moléculaires de caractères d’adaptation et d’évolution des populations, notamment chez les plantes cultivées, afin de contribuer au développement de systèmes de production durables. GQE comprend environ 100 agents : chercheur.e.s, enseignant.e.s-chercheur.e.s, ingénieur.e.s, technicien.ne.s, étudiants et doctorants, et fait partie de l’Institut Diversité, Ecologie, Evolution du Vivant (IDEEV) situé sur le campus de l’Université Paris-Saclay. Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe Bioinformatique, Science Ouverte et Systèmes, BiOSS, qui regroupe un collectif de 5 agents et dont les missions viennent en soutien des projets de recherche menés au sein de GQE.

Objectifs

Depuis plusieurs années plusieurs approches sont utilisées (expérimentations en chambre climatique ou en plein champ, biologie moléculaire, génomique, génétique des populations, bio-informatique) dans le but de déterminer la diversité des cultures fruitières et de leurs espèces apparentées sauvages ainsi que leur capacité à faire face aux changements climatiques.

Dans ce cadre, un pipeline d’évaluation de ‘décalage génomique’ permettant de modéliser le potentiel adaptatif des arbres fruitiers face aux changements climatiques a été réalisé au sein de l'équipe, à partir des données disponibles de pommiers sauvages et cultivés (données génomiques, groupes génétiques, données phénotypiques). Il est désormais nécessaire d'adapter ce pipeline, en suivant le principe "FAIR" (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable), pour qu'il puisse être opérationnel et exploité pour l’étude d'autres espèces fruitières.

Activités et responsabilités

Vous serez en charge de déployer un pipeline bioinformatique dédié à l’évaluation du décalage génomique, sur différentes espèces d’arbres fruitiers, en analysant des données génomiques de séquençage haut débit ainsi que des données phénotypiques, tout en respectant les principes FAIR. De solides compétences en bioinformatique, biostatistiques et analyse de données sont requises. En plus de son rôle de soutien direct à l’équipe de GQE-Le Moulon à Saclay, en France, vous interagirez à distance en anglais avec l’équipe d’Amandine Cornille à NYUAD, cheffe du projet, ainsi qu’avec l’ensemble des partenaires du réseau, en France et en Europe.

Vous serez responsable de l’analyse de jeux de données issus du séquençage haut débit (appel de variants et filtrage associé), des études de génétique quantitative associées (décalage génomique), du traitement statistique des données phénotypiques et génomiques, ainsi que de la gestion des données (bases en PostgreSQL). Une solide expertise en bioinformatique est requise (R, Python, bash et Slurm), avec un accent particulier sur la reproductibilité et l’inter-opérabilité grâce à l’utilisation d’outils de gestion de workflows (Snakemake ou Nextflow) et de conteneurs (Docker, Singularity,...).

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Principaux interlocuteurs : Amandine Cornille (leader du projet), Mathieu Brisson (Ingénieur responsable du management du projet), Yannick de Oliveira (responsable de l’équipe BIOSS), Karine Alix (référente GQE du projet), Maxime Criado (doctorant),

Moyens mis à disposition : ordinateur portable et serveurs de calculs

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

le télétravail est accordé

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr