La mission principale de l'ingénieur de recherche en Bioinformatique sera de consolider le prototype de lac de données du projet Virome@tlas en collaboration et intéraction étroite avec le consortium. La personne recrutée développera plus particulièrement des chaines de traitement bioinformatique reproductibles (script bash, python) pour l'extraction, la transformation et le chargement des données (procédure ETL) au sein du système à partir des métadonnées SRA du NCBI et des données d'assignation taxonomique déjà produites par l'algorithme SRA-STAT.
L'ingénieur participera au développement de procédures d'analyse reproductibles de données massives sur le cloud à travers des notebook (Jupyter, R) dans le but de répondre aux questions adressées par le consortium. La mission secondaire concernera la formation des membres du consortium à l'utilisation de l'infrastructure au travers des Notebook et l'organisation d'évènements (Hackathon) ouvert à la communauté SHAPEMed@Lyon.
Activités Principales de l'agent :
* Participer au développement de l'infrastructure cloud du projet Virome@tlas (openstack, docker, singularity, notebook jupyter).
* Développer des procédures en python pour l'extraction, la transformation, le chargement des données dans l'infrastructure.
* Développer des notebook jupyter pour faciliter l'exploration de la diversité virale à partir des données SRA et SRA-STAT.
* Assurer la mise à jour du lac de données.
* Gérer la formation des membres du consortium et des étudiants.
* Participer à l'encadrement des étudiants impliqués dans le projet
* Gérer l'animation de Hackhaton pour l'utilisation de l'infrastrucrture.
* Résoudre ou faire remonter les incidents et optimiser les performances.
* Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
* Effectuer une veille technologique.
* Contribuer à l’assistance aux partenaires du projet.
Logiciels ou matériels spécifiques utilisés :
OpenStack, Pyarrow, S3, Google RPC, Notebook Jupyter, Docker, Python, R
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