Bioinformaticien-ne expert-e interactions plantes-insectes

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez vos missions au sein de l'Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP) dont l'ambition est d'analyser, comprendre et prédire le fonctionnement des plantes et de leurs organismes associés dans le cadre de systèmes de production agroécologique durables, en limitant les intrants et en respectant l'environnement.
Vous serez accueilli dans la plateforme bioinformatique de l'unité, qui comprend 6 ingénieurs et dont l'objectif est de faciliter l'organisation, le partage, l'intégration et le traitement de données génomiques et associées produites par l'unité et de maintenir et faire évoluer BIPAA, la plateforme bioinformatique nationale du département Santé des Plantes et Environnement dédiée à la génomique des arthropodes d'intérêt agronomique qui sert une large communauté de scientifiques en particulier des réseaux nationaux Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA) et Adaptation à l'environnement chez les Lépidoptères (ADALEP), ou d'échange sur les mécanismes épigénétiques (ReacTION).
Grâce à une coopération avec la plateforme nationale de bioinformatique GenOuest (UMR IRISA), l'Infrastructure de recherche BioInfomics et l'Institut Français de bioinformatique, vous disposerez de ressources de calculs importantes et d'un support technique fiable et efficace. Vous collaborerez également avec les équipes Dyliss et Genscale du centre Inria de l'Université de Rennes, pour développer des approches innovantes sur des thématiques de recherche variées comme l'identification de variants de structure, la pangénomique, l'assemblage de métagénomes, l'intégration de données dans des graphes de connaissances, ou la reconstruction de réseaux métaboliques.
Vous participerez également au CATI INRAE "Bioinformatique pour l'Analyse, la Représentation et Intégration de Connaissances la communauté" (BARIC), une communauté qui compte 35 ingénieurs bioinformaticiens.
Au sein de cette plateforme vos missions consisteront à :
- Maintenir et faire évoluer l'infrastructure matérielle et logicielle de BIPAA afin d'agréger des centaines de génomes d'insectes et les données omiques associées et de déployer des services et des interfaces efficaces et fonctionnelles selon les principes de la science-ouverte ;
- Produire et annoter des génomes complets et de haute qualité pour les espèces de bioagresseurs, plantes et microbiotes étudiés dans l'unité et par les membres des réseaux BAPOA et ADALEP et les structurer en graphes de variations (pangénomes)
- Associer les données génomiques à des données environnementales et la caractérisation de microbiotes et des données phénotypiques obtenues par différentes approches, et enrichir ces connaissances à l'aide de liens vers des ressources externes, la fouille de données bibliographiques et l'intelligence artificielle générative.
- Assurer la gestion des ressources bioinformatiques de l'IGEPP et du CATI BARIC et la rationalisation et la sécurisation des données produites par les différentes équipes de l'unité et du CATI, tout en facilitant le développement d'une infrastructure à visée internationale et hautement interopérable sur de nombreux insectes ravageurs et pathogènes de plantes étudiés dans le département SPE

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Formations et compétences recherchées

Licence, Maîtrise, Master 1, BUT

Bonne connaissance et pratique de la bioinformatique pour le traitement et l'analyse de données génomiques et métagénomiques
Pratique courante d'un langage de programmation (Python, C++, Rust, Java ou R )
Expérience appréciée dans la mise en oeuvre de gestionnaires de workflow (NextFlow,Snakemake ou autre)
Maitriser les méthodologies de développement logiciel et les pratiques de l'intégration continue
Intérêt pour la structuration des données sous forme de graphe de connaissances (RDF ou Neo4J)
Connaissance des pratiques FAIR (ontologies, standards de métadonnées)
Utilisation de Framework JavaScript pour le développement d'interfaces (Django, flask, Vue.js, ...)
Connaissance des méthodes et outils de l'intelligence artificielle
Travail en équipe
Maitrise de l'anglais

#LI-FG1

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :
- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler
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Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr