Ingénieur de recherche (h / f) en microbiologie et biogéochimie cryosphériques-

Intitulé de l'offre : Ingénieur de Recherche (H / F) en microbiologie et biogéochimie cryosphériques?

Référence : UMR5001-ELSGEN-039

Nombre de Postes : 1

Lieu de travail : ST MARTIN D HERES

Date de publication : mardi 8 avril 2025

Durée du contrat : 18 mois

Date d'embauche prévue : 1 juin 2025

Quotité de travail : Complet

Rémunération : Entre 2847.42 et 3005.46€ selon expérience

Niveau d'études souhaité : BAC+5

Expérience souhaitée : 1 à 4 années

BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type : Ingénieur-e de recherche en environnements géo-naturels et anthropisés

L'objectif principal est d'appuyer une équipe de recherche dans l'exploitation des données génétiques issues d'archives paléoécologiques (carottes de glace, sédiments) pour étudier la relation historique entre pollution métallique et résistance aux antibiotiques. En reconstituant les réponses microbiennes aux changements géochimiques passés, nous visons à identifier les mécanismes évolutifs de dissémination des gènes de résistance (ARG) afin d'éclairer les stratégies de réduction des risques environnementaux.

Activités

1. Développer et optimiser des pipelines bioinformatiques pour l'analyse métagénomique d'ADN environnemental ancien et moderne (carottes de glace / sédiments), en se concentrant sur :
* La détection et l'annotation des ARGs, HMRGs et éléments génétiques mobiles (MGEs).
* Le profilage taxonomique et les études d'association de gènes fonctionnels.
* L'analyse en série temporelle de la dynamique des gènes de résistance.
1. Concevoir et implémenter des interfaces serveur pour simplifier le traitement, le stockage et la visualisation des données pour des équipes interdisciplinaires (microbiologistes, géochimistes, modélisateurs).
2. Garantir la reproductibilité et l'évolutivité des workflows.
3. Collaborer étroitement avec les membres du projet pour valider les pipelines et interpréter les résultats en vue de publications.

Compétences

Nous recherchons un(e) candidat(e) titulaire d'un doctorat en sciences computationnelles, sciences évolutives ou bioinformatique, avec une formation en écologie microbienne. Le / la candidat(e) doit posséder une capacité à s'intégrer dans des équipes multiculturelles, faire preuve d'un intérêt pour l'analyse de données, tout en étant autonome et capable de prendre des initiatives.

Contexte de travail

L’Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE) est un laboratoire public de recherche sous les tutelles du CNRS, l’IRD, l’Université Grenoble Alpes (UGA) et Grenoble-INP qui travaille sur les changements climatiques et l'anthropisation de notre planète dans les régions polaires, de montagne et la zone intertropicale, régions particulièrement sensibles et aux enjeux sociétaux majeurs.

L'effectif moyen du laboratoire est d'environ 330 personnes, dont 190 membres permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs) et environ 140 doctorants, post-doctorants et personnels en contrat à durée déterminée. Chaque année, le laboratoire accueille environ 120 stagiaires et visiteurs scientifiques. L'IGE est installé dans quatre bâtiments du campus universitaire de Grenoble (bâtiment de glaciologie, OSUG-B, Maison Climat Planète et INRAE-Grenoble Saint Martin d'Hères).

L'IGE est l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) qui est une structure fédérative de l'INSU.

Le candidat / candidate sélectionné.e effectuera sa mission au sein de l'équipe ICE3 de l'IGE et sera placé sous la responsabilité de Catherine LAROSE. Ce poste s'inscrit dans le cadre de l'ERC Paleo-MARE.

Contexte scientifique :

Les cycles biogéochimiques globaux, pilotés par l'activité microbienne, sont essentiels à la santé de notre planète. Les activités humaines—extraction minière, processus industriels et utilisation d'antibiotiques—ont modifié ces cycles, entraînant une pollution généralisée et l'émergence de gènes de résistance aux métaux lourds (HMRGs) et aux antibiotiques (ARGs). Ces mécanismes de résistance, souvent associés à des éléments génétiques mobiles, menacent les écosystèmes et la santé humaine, avec une projection de 10 millions de décès annuels dus à la résistance antimicrobienne d'ici 2050 si aucune mesure n'est prise. Ce projet exploite des archives paléoécologiques (ADN issu de glaces et sédiments) pour étudier la relation à long terme entre la pollution métallique et la résistance aux antibiotiques. En reconstituant les réponses microbiennes aux changements géochimiques historiques, nous visons à élucider les mécanismes de dissémination des ARGs et à éclairer les politiques de réduction des risques environnementaux.

#J-18808-Ljbffr