Ingénieur en bioinformatique du cnr ist bactériennes - h/f

Description :

PRINCIPALES ACTIVITÉS
* Assurer l'analyse des génomes bactériens séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, annotation, identification de variant).
* Assurer l'analyse des amplicons séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, identification de variant).
* Mise en application de ces analyses pour :
* L'identification des MARQUEURS DE RÉSISTANCE AUX ANTIBIOTIQUE Set de virulence ;
* ETUDE PHYLOGÉNÉTIQUE et identifications des clusters ;
* L'attribution de variables.
* Mise en œuvre de travaux de développement dans son domaine d'activité (NGS et bio-informatique).
* Formation du corps médical et technique à l'utilisation des outils bioinformatiques installés et/ou développés.
* Prise d'information et de conseils auprès des personnels / utilisateurs / usagers, relatifs aux projets et au domaine d'activité.
* Traitement de l'information biologique: extraction, regroupement, représentation.
* Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en solutions et en programmes bioinformatiques.
* Identifier, analyser, prioriser et synthétiser les informations relevant de son domaine d'activité.
* Formalisation et publication d'information en interne / externe.
* Recensement et analyse des besoins des utilisateurs, spécifique à son domaine d'activité.
* Utilisation et traçabilité des outils, logiciels et systèmes relevant de son domaine d'activité.
* Veille spécifique à son domaine d'activité.
* Travailler en équipe / en réseau.
MISSIONS PONCTUELLES/PARTICULARITÉS
* Participer aux réunions bi-mensuelles du CNR IST.
* Vérification, mise en route, pilotage et surveillance des équipements, mise à l'arrêt.
* Adapter des procédures / protocoles / modes opératoires / consignes relatives à son domaine de compétence.
* Rédaction de documents technique, relatif à son domaine d'activité.
* Analyser et évaluer les performances d'un système, d'un appareil, d'un outil spécifique à son domaine d'activité technique.
* Valorisation des résultats dans les congrès scientifiques et par la participation à la rédaction des articles scientifiques en anglais.
* Participer aux réunions organisées par les ingénieurs bio-informaticiens du pôle de Biologie-Pathologie.
* Encadrer des stagiaires en bio-informatique.
* Partager les outils bioinformatiques avec le corps médical et technique.
* Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle.
ACTIVITÉS TECHNIQUES
* Configuration, développement et validation des logiciels bioinformatiques pour l'analyse des données NGS.
* Mise au point de nouvelles analyses bioinformatiques en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
* Création, entretien et développement de solutions de stockage et d'entrepôts de données (sauvegarde et archivage).
* Maintenance des équipements, logiciels et bases de données, spécifique à son domaine d'activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
* Relation avec la DSI pour la gestion des ressources de calcul et de stockage (serveur, machines virtuelles).
* Aide à la conception et à la mise en place des nouveaux protocoles de séquençage par technique NGS.
* Veille technologique active sur les nouvelles méthodes bioinformatiques et technologies associées.
* Assurer le lien entre le laboratoire et les services du Biomédical et Informatique, spécifique à son domaine d'activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
* Accompagnement des techniciens de laboratoire pour la gestion des dysfonctionnements, pannes d'équipements, problèmes techniques relevant de son domaine d'activité.
HYGIÈNE
* Respecte les règles d'hygiène et de sécurité en vigueur.
* Respecte les règles et le circuit d'élimination des déchets.



Profil recherché :


APTITUDES
Être capable d'évoluer en fonction des évolutions techniques et/ou organisationnelles
Faire preuve de rigueur et avoir le sens des responsabilités
Savoir travailler en équipe / en réseau
Analyser et gérer les priorités
Être autonome et réactif
Savoir communiquer
Savoir gérer son activité et être force de proposition pour améliorer les performances
Communiquer et transmettre son savoir à l'ensemble du personnel du laboratoire
CONNAISSANCES REQUISES
Utilisation avancée des systèmes Linux
Connaissance de différents langages de programmation / script (Python/Perl/Java/Bash/R.)
Conception et développement de logiciels
Conception et utilisation d'architectures système pour le stockage et l'analyse de grande quantité d