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Ingénieur de recherche (H/F) - Conception et développement d’un assistant de recherche d’intelligence artificielle pour la métabolomique

Date Limite Candidature : mercredi 5 mars 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche (H/F) - Conception et développement d’un assistant de recherche d’intelligence artificielle pour la métabolomique
Référence : UMR7272-LOUNOT-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : mercredi 12 février 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 2875 euros et 3550 euros en fonction de l'expérience.
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données


Missions

Dans le cadre du consortium scientifique franco-suisse MetaboLinkAI (ANR-24-CE93-0012-01, metabolinkai.net), co-coordonné par le CNRS et l’ETH Zurich, l’ingénieur (H/F) de recherche contribuera à la conception et au développement d’un assistant de recherche d’intelligence artificielle (IA) utilisant des modèles de langage avancés. Ce système d’IA, déployé dans un cadre d’intégration des connaissances scientifiques et des données issues d’analyses métabolomiques, vise à améliorer la recherche sur le métabolisme et ses fonctions, notamment le rôle des métabolites dans les processus biologiques et la découverte de nouvelles molécules bioactives.
L’ingénieur (H/F) de recherche assurera également une partie de la gestion du projet (25%), en collaboration avec les co-coordinateurs et les partenaires. Il/elle aura un rôle central dans l’intégrité des répertoires de code source, du suivi des contributions collectives et de l’organisation des interactions/événements de cette collaboration internationale.
La durée du contrat est de trois ans, avec une possibilité d’extension d’une année supplémentaire à son terme.


Activités

1. Développement et optimisation de l’assistant de recherche IA pour la métabolomique :
o Concevoir un système à base d’agents d’intelligence artificielle exploitant des modèles de langage avancés (LLMs) et des graphes de connaissances, et pilotable en langue naturelle.
o Implémenter des techniques d’optimisation des interactions entre les grands modèles de langage et les graphes de connaissances, notamment scientifiques.
o Intégrer des méthodes computationnelles pour le traitement et l’annotation des données issues de spectrométrie de masse.
o Concevoir un cadre (back-end) et une interface utilisateur flexible (front-end) pour l’exploitation de l’assistant de recherche IA.
o Intégrer des outils de visualisation avancés et interactifs pour la représentation des résultats métabolomiques.
o Assurer une intégration harmonieuse des développements de l’assistant IA avec l’écosystème MetaboLinkAI.
o Expérimenter et évaluer différentes architectures d’agents IA.
o Concevoir des démonstrateurs de l’agent conversationnel pour différents scénarios d’application.
o Déployer une instance publique de l’assistant IA de MetaboLinkAI.
2. Gestion de projet (25%) :
o Participer à la coordination et au suivi rigoureux des activités des différents partenaires et collaborateurs du consortium.
o Assurer une veille technologique sur les dernières avancées en IA.
o Proposer et mettre en place des protocoles et outils visant à accélérer les développements informatiques.
o Veiller à l’adhésion aux principes F.A.I.R et aux standards ouverts.
o Contribuer à la rédaction des rapports techniques et des documents de synthèse.
o Organiser et animer les réunions de projet ainsi que les événements scientifiques associés.
o Contribuer à la gestion des ressources informatiques partagées.
o Diffuser les communications du projet MetaboLinkAI via les réseaux sociaux, le site web et d’autres canaux de communication.
3. Contribution scientifique et valorisation :
o Contribuer à la rédaction d’articles scientifiques et de communications pour des conférences internationales.
o Présenter les avancées du projet lors d’événements scientifiques nationaux et internationaux.
o Assurer la mise à disposition en code ouvert des outils développés.
o Possibilité de réalisation d’une thèse de doctorat.


Compétences

Compétences techniques :

* Excellente maîtrise de la programmation en Python.
* Excellente maîtrise des outils d’IA pour les développements informatiques.
* Expérience en intelligence artificielle générative.
* Expérience en gestion et interrogation de graphes de connaissances.
* Expérience souhaitée en visualisation de données et interfaces utilisateur.
* Compétence en évaluation des performances de systèmes d’agents IA.

Compétences en gestion de projet :

* Expérience en gestion et conduite de projets de recherche.
* Expérience en gestion de bases de code collaboratives et ouvertes.
* Expérience en organisation de réunions.
* Compétence en organisation d’événements scientifiques.

Compétences relationnelles :

* Capacité à travailler en équipe et à collaborer avec des chercheurs de différents domaines.
* Aptitude à vulgariser des concepts complexes pour divers publics.
* Esprit d’initiative et d'autonomie.
* Maîtrise de l’anglais scientifique (oral et écrit).


Contexte de travail

Le poste est basé à l’Institut de Chimie de Nice, au sein de l’HolobiomicsLab. Le/la candidat(e) travaillera en étroite collaboration avec des spécialistes en IA et en métabolomique pour développer et tester l’assistant de recherche. Des déplacements ponctuels en France et Suisse sont à prévoir.


Contraintes et risques

Travail sur des bases de code collaboratives et de grandes bases de données, nécessitant une rigueur particulière en gestion des données et dans la coordination des communications. Respect des délais de production scientifique et technique.

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