Mobilité noemi - ingénieur-e biologiste en analyse de données

Mobilité NOEMI - Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Un poste IR CNRS en bioinformatique est ouvert au LIEC en mobilité interne sur un support NOEMI (ouvert à tous les agents de la fonction publique). Le poste est publié sur le portail emploi CNRS et le site mobilité interne CNRS pour la campagne d'hiver 2025. La date limite de candidature est le 16 janvier 2025.

Le poste porte sur : « les analyses bioinformatiques de données de type Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) issues des recherches en (méta)génomique et (méta)transcriptomique microbienne (procaryotes et eucaryotes) », et il peut être localisé sur Metz ou Nancy.

Ingénieur de recherche
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

L’ingénieur biologiste en analyse de données conçoit et organise la collecte et le traitement de données issues de la recherche en sciences du vivant. Les analyses bioinformatiques des données de type Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) nécessiteront :

1. Développer et mettre en place des procédures bioinformatiques adaptées.
2. Stocker, fouiller et comparer les jeux de données « omiques ».
3. Identifier les réseaux de gènes et les fonctions (indicateurs) clés contrôlant ces systèmes complexes.
4. Diriger et assurer le déploiement de l’architecture matérielle et logicielle et de son application.

Activités :

* Définir le plan d’étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé.
* Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d’information permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données.
* Analyser les données et développer les workflows adaptés pour des données issues de travaux de recherche dans différents domaines des sciences de la vie.
* Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales.
* Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l’analyse des données biologiques.
* Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité.
* Concevoir les modèles mathématiques adaptés.
* Animer des réseaux professionnels d’échange de compétences.
* Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en œuvre des méthodes d’études et d’interprétation des résultats.

Compétences :

* Formation en biologie et expérience reconnue en (méta)génomique et/ou (méta)transcriptomique appliquées aux microorganismes.
* Bonnes connaissances des langages de programmation, en biostatistique et machine learning.
* Une ou plusieurs expériences avérée(s) en (méta)génomique comparative des répertoires de gènes ; traitement informatique des données de séquençage ; analyse de l’expression des gènes microbiens.
* Mise en forme des données par des outils de visualisation, analyses statistiques et machine learning.
* Connaissance de R, Perl et Python, du développement orienté objet et des bases de données (MySQL, PostgreSQL).
* Maîtrise de l'environnement UNIX.
* Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.
* Autonomie ; bon relationnel ; ouverture d’esprit ; sens critique et rigueur.
* Maîtrise de l'anglais oral et écrit.

Contexte :
Le LIEC est une unité mixte de recherche (UMR) Université de Lorraine / CNRS dont les travaux de recherche portent sur la compréhension et le fonctionnement des écosystèmes continentaux fortement perturbés par l'activité humaine, avec pour finalité leur réhabilitation.

Procédure : envoyer un mail à aurelie.cebron@univ-lorraine.fr

Offre publiée le 17 décembre 2024, affichage jusqu'au 16 janvier 2025.

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