Ingénieur(e) d'etude bioinformatique h/f

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur(e) d'Etude bioinformatique H/F
Référence : UMR7275-GEOVAS-009
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : jeudi 14 novembre 2024
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 15 mois
Date d'embauche prévue : 2 janvier 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : salaire entre 2372 et 2987 euros bruts mensuels selon expéreience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Missions

Analyse bioinformatique de données transcriptomique (bulk et single-cell RNAseq) dans le cadre de projets étudiant la réponse de l'épithélium des voies respiratoires à des agents cancérigènes. Analyses « long-reads » sont également, envisagées.
Mise en œuvre et amélioration de pipelines d'analyse déjà existants dans l'équipe. Si nécessaire, développement de nouveaux pipelines.
Veille technologique afin d'évaluer de nouveaux pipelines.
Exploration et exploitation des données dans le but d’écrire des articles scientifiques.
Gestion des interactions avec les partenaires du projet (biologie des systèmes, intelligence artificielle).

Activités

Choisir et adapter les pipelines d'analyse transcriptomiques sur cellule unique et en « bulk RNAseq » aux questions biologiques posées par l'équipe de recherche
Analyser les résultats provenant des chercheurs de l'équipe et les replacer dans le contexte des résultats obtenus par d'autres équipes
Gérer les projets conjointement avec les chercheurs et doctorants de l'équipe.
Rédiger des rapports d'expérience.
Participer à la veille scientifique et technologique sur les analyses de données transcriptomique.


Compétences

•Connaissances en analyse transcriptomique
•Biologie (connaissance approfondie)
•Notions opérationnelles d'anglais
•Mettre en œuvre des pipelines d'analyse transcriptomique sous R
•La maitrise de Python est un plus
•Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais)
•Capacité à travailler en étroite collaboration avec les différents collaborateurs du projet.

Contexte de travail

Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC regroupe 22équipes de recherche et des services communs pour un effectif global de plus de 255 personnes. La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe de recherche « Génome non-codant et pathologies pulmonaires » et dans la cadre du hub de bioinformatique CoBioDa. Elle travaille de manière étroite avec la plateforme de génomique de l'IPMC, UCAGenomiX.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.