Au sein de l'Université de Franche-Comté Santé, l'ingénieur biologiste en traitement de données H/F est en charge de la recherche sur la plateforme Bio-informatique et Big data au Service de la Santé (2B2S).
Mission 1 : Traitement des données de NGS en biologie médicale
* Analyse de données de NGS en biologie (traitements des données brutes, stockage, alignement, assemblage)
* Analyse des microbiotes humains et environnementaux
* Analyse des données de RNAseq, de ChIP-Seq
* Analyse de données de protéomique
* Appel de variants chez les procaryotes et les eucaryotes (bactéries, parasites, champignons, virus, cellules cancéreuses)
* Association des données biologiques et des données patients.
Mission 2 : Développement et montage de projets en lien avec les biologistes
* Développement de nouveaux outils et pipelines d’analyses de données de NGS répondant aux besoins des équipes partenaires
* Participation au montage des projets biologiques (notamment sur les besoins en données et les techniques nécessaires)
Mission 3 : Administration système
* Administration d'un serveur de calcul sous linux (Mise à jour, gestion des droits, suivi du stockage)
* Webmaster du site web de la plateforme.
L'ingénieur biologiste H/F sera en contact régulier avec différents interlocuteurs:
* Directeur de la plateforme
* Autres ingénieurs du comité technique
* Comité de pilotage scientifique – directeur(rice)s des équipes partenaires
* Equipe informatique de l’UFR Santé
L'ingénieur biologiste H/F pourra être amené à encadrer 2 stagiaires maximum durant l'année.
Compétences nécessaires:
* Maîtrise de plusieurs outils de programmation
* Maîtrise de l’anglais
* Solides notions en biologie
* Connaissance en administration linux
* Connaissance en analyse statistique
L'université de Franche-Comté est une université pluridisciplinaire qui accueille chaque année près de 27 000 apprenants sur six sites : Besançon, Belfort, Montbéliard, Vesoul, Dole et Lons-le-Saunier.
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