Ingénieur.e en bio-informatique spécialité génomique (h/f)

Au sein de l'équipe PaleoEVO (http://bit.ly/PaleoEvo) de l'UMR Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (GDEC), vous participerez aux divers projets de l'équipe dans le domaine de la paléogénomique (analyse d'ADN ancien, reconstruction d'ancêtres) et recherche translationnelle chez le blé pour des caractères agronomiques. L'équipe d'accueil assure l'accès aux outils bio-informatiques nécessaires à la pleine réalisation du projet. Vous serez sous la responsabilité du directeur de recherche et d'ingénieur.e.s de recherche, et entourez de doctorants et post doctorants spécialisés en génétique et bio-analyse.

Vous serez plus particulièrement en charge de l'analyse de séquences issues d'ADN ancien de plantes (Pont et al. 2019 doi: 10.1186/s13059-019-1627-1) et la comparaison avec les bases de données caractérisant les accessions modernes de blé (polymorphisme SNP), notamment des analyses phylogénétiques, descriptives (Blast, ACP). Vous participerez au développement méthodologique et à l'optimisation des process. Vous devrez assurer le suivi qualité et la traçabilité des analyses et rendre compte de la continuité du travail.

Vous serez potentiellement amené à travailler sur 2 sites distants de 5 kilomètres.

Formation recommandée : ingénieur ou Master dans le domaine de la bio-informatique, modélisation de données, (épi)génétique, intégration des données (génétique, épigénétique, transcriptomique, petit ARNs).

Connaissances souhaitées :
- Maîtrise de langages de programmation (Bash, Python, R, C, C++, Gitlab, Conda, cluster de calcul type HPC, .) ainsi que des outils d'interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (Galaxy).
- Exploitation des données NGS (génétique, épigénétique, transcriptomique, petits ARN, etc.) allant du contrôle qualité des séquences à l'analyse plus fine des polymorphismes.
- Exploration de séquences (comparaison/mapping de séquences (Blast/BWA/bowtie)).
- Utilisation de banque de données génomiques.
- Alignement de séquences et phylogénie/phylogénomique, analyse de structure (Megan, Structure), génétique des populations.
- Biostatistique (machine learning, glm, modèles multivariés, ...) pour une interprétation éclairée des résultats.
- Maîtrise des techniques d'analyse de metabarcoding, métagénomique et statistiques associées.
- Une expérience en génomique comparative et génomique évolutive serait appréciée.

Aptitudes recherchées : rigueur, autonomie, motivation, communication en anglais.

Le site de Crouël est directement desservi par les lignes de bus régulières T2C n°9, n°35 et n°36.

Date de prise de fonction au 01/06/2025.

Experience: Débutant accepté

Compétences: Déterminer des protocoles d'expérimentation,Développer des méthodes de recherche innovantes,Planifier et suivre les échéances de projet,Procéder à des tests, expérimentations,Réaliser une analyse ou modélisation statistique de données

Qualification: Cadre

Secteur d'activité: Recherche-développement en autres sciences physiques et naturelles

Liste des qualités professionnelles:
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Être à l'écoute, faire preuve d'empathie : Capacité à écouter activement, réceptionner des informations et messages, faire preuve d'ouverture d'esprit et de diplomatie.
Faire preuve d'autonomie : Capacité à prendre en charge son activité sans devoir être encadré de façon continue (le cas échéant, à solliciter les autres acteurs de l'entreprise).

L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche.

Le Centre Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes est un des sites historiques de l'institut, avec des recherches de pointe dans des secteurs clés de l'agriculture, de l'environnement et de l'alimentation : la nutrition humaine préventive, les céréales, la qualité des produits, les territoires, l'élevage à l'herbe, la robotique appliquée à l'agriculture...