Ingénieur-e biologiste en traitement de données

À propos de nous

Nantes Université est un établissement public d’enseignement supérieur et de recherche qui propose un modèle d’université inédit en France unissant une université, un hôpital universitaire (CHU de Nantes), un institut de recherche technologique (IRT Jules Verne), un organisme national de recherche (Inserm) ainsi que Centrale Nantes, l’école des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire et l’École Nationale Supérieure d’Architecture de Nantes.


Mission

· Le CR2TI est une Unité Mixte de Recherche de l’Inserm et de Nantes Université basée sur le campus du CHU de Nantes et le bâtiment IRS2. Il est constitué de 6 équipes de recherche pour un total de 230 personnes (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens, étudiants, ingénieurs, techniciens) principalement dédiées au décryptage des mécanismes immunologiques et à l'amélioration du diagnostic et des traitements dans les domaines de la transplantation d’organes, des maladies inflammatoires, auto-immunes et des maladies infectieuses.

· L’équipe 6 se spécialise dans l’étude des relations hôtes-pathogène pour mieux comprendre les réponses immunitaires causées par des infections virales ou bactériennes. Ici, nous collaborons avec Sophie Conchon (Inserm UMR 1064) sur le projet Prediction of Treatment Efficacy and Risk of Relapse for Autoimmune Hepatitis (PRETERRAH). Ce projet a pour objectif de créer un modèle permettant d’évaluer la réponse au traitement d’individus atteints d’hépatite auto-immune, permettant d’adapter leur traitement si nécessaire pour augmenter le nombre de patient en rémission.

L’ingénieur devra réaliser une analyse basée sur des données de single-cell. Cela inclura traiter les données à l’aide du logiciel CellRanger puis les analyser avec le package R Seurat pour identifier des signature biologique associé à une « absence de réponse au traitement », une « réponse insuffisante au traitement », ou une « rechute du patient ». En parallèle, le framework MOFA+ sera utiliser pour réaliser une analyse non supervisée utilisant des données multi-omiques dont celle du single cell.

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Profil

* Versant : Fonction publique d’État

* Type de recrutement : CDD 8 mois (article L.332-2, 3 du CGFP)



* Formation et/ou qualification : Formation en immunologie et bio-informatique

* Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : analyse de données transcriptomiques avec le langage de programmation R.

* Savoir utiliser les langages de programmation R et bash