Chargé-e de recherche en génomique quantitative des interactions plante-microorganisme

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche rassemblant une communauté de 12 000 personnes, réparties dans 272 unités de recherche, de service et d'expérimentation implantées sur 18 centres sur toute la France.

Institut de recherche finalisée, il est le premier organisme de recherche mondial spécialisé sur l’ensemble « agriculture-alimentation-environnement ». INRAE a pour ambition d’être un acteur clé des transitions nécessaires pour répondre aux grands enjeux mondiaux.

Face à l’augmentation de la population et au défi de la sécurité alimentaire, au dérèglement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, l’institut a un rôle majeur pour construire des solutions et accompagner la nécessaire accélération des transitions agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli à l'Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) à Angers, une Unité Mixte de Recherche sous les tutelles d'INRAE, de l'Institut Agro Rennes-Angers et de l'Université d'Angers. L'institut intègre de multiples expertises au service de la qualité et de la santé des espèces horticoles et des semences. Les équipes du Groupe Pomme de l'IRHS (25 chercheur.es), ont pour objectif de générer les connaissances nécessaires pour assurer une gestion durable de la santé des vergers.

Pour lutter contre les maladies fongiques du pommier, nous avons choisi de nous concentrer sur les résistances quantitatives à effet partiel, jugées plus durables que les résistances qualitatives. Cependant, les données manquent pour expliquer pourquoi les bioagresseurs s'adaptent si difficilement à ces résistances. Une hypothèse serait que les multiples pressions exercées par la plante sur les bioagresseurs les obligent à accumuler des facteurs de virulence et d'agressivité, qui pourraient les conduire vers des culs de sacs évolutifs.

Au sein de l'équipe EcoFun, vous testerez cette hypothèse sur le modèle champignon phytopathogène Venturia inaequalis/pommier. Des caractères de résistance quantitative (rQTL) ont déjà été caractérisés chez le pommier, et des pressions de sélection supplémentaires peuvent être exercées par des Stimulateurs de défense des plantes (SDP) dans un contexte de changements climatiques (hausses des températures, changement de phénologie de l'hôte, etc.). Identifier les chemins adaptatifs que les populations de V. inaequalis empruntent pour faire face à ces pressions de sélection vous conduira à analyser l'architecture génétique des traits du champignon impliqués dans les interactions quantitatives avec la plante. Vous aurez accès à une collection unique de souches de V. inaequalis échantillonnées sur des génotypes de pommiers avec ou sans rQTL, à des descendances phénotypées et génotypées, ainsi qu'à d'importantes ressources omiques.

Vous pourrez également mettre en place des dispositifs expérimentaux dans les vergers en collaboration avec l'Unité Expérimentale Horticole d'Angers. Vous bénéficierez de la plateforme de phénotypage haut débit sur plantes (PHENOTIC), de l'accès aux plateaux techniques de biologie moléculaire et d'imagerie cellulaire de la SFR QuaSaV (Qualité et Santé du Végétal) d'Angers.

Vous rejoindrez un groupe de recherche unique, où votre expertise en génétique quantitative et génomique complètera les compétences de l'équipe EcoFun en biologie fonctionnelle et épidémiologie, ainsi que celles des autres équipes du Groupe Pomme. Ensemble, nous utiliserons le modèle V. inaequalis/pommier pour étudier les contraintes évolutives auxquelles font face les champignons pour surmonter les résistances partielles, tant constitutives qu'induites, dans le cadre d'une gestion durable des résistances.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent

Concours ouvert aux candidats.tes titulaires d'un doctorat (ou équivalent).
Formation en génétique/génomique quantitative. Vous avez de l'expérience dans l'étude des interactions plante-microorganisme et dans le traitement de données omiques.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.
Découvrez votre futur poste en vidéo !

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :
- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

#LI-FG1

Modalités pour postuler
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Guide des candidats CRCN 2025
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Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr