L'IRSN, Etablissement Public à caractère Industriel et Commercial (EPIC) - dont les missions sont désormais définies par la Loi n° 2015-992 du 17 août 2015 relative à la transition énergétique pour la croissance verte (TECV) - est l'expert public national des risques nucléaires et radiologiques. L'IRSN concourt aux politiques publiques en matière de sûreté nucléaire et de protection de la santé et de l'environnement au regard des rayonnements ionisants. Organisme de recherche et d'expertise, il agit en concertation avec tous les acteurs concernés par ces politiques, tout en veillant à son indépendance de jugement. Vous intégrerez une équipe pluridisciplinaire, et participerez à des activités de recherches en bioinformatiques afin de faciliter la compréhension des effets d'une exposition accidentelle à des rayons ionisants.
L'objectif principal de ce stage est d'identifier des fonctions biologiques impliquées dans la réponse aux rayons ionisants dans des données transcriptomiques à l'aide d'outils topologiques. Dans un premier temps, le candidat devra prendre en main plusieurs de ces outils d'enrichissement, en passant par le package R graphite, et les bases de données qui leur sont associées (KEGG, WikiPathways, Reactome, etc.), et appliquer ces méthodes sur des données transcriptomiques obtenues dans les conditions irradié vs control afin de caractériser la réponse aux rayons ionisants. Dans un second temps, l'étudiant aura l'occasion d'implémenter une interface R shiny qui facilitera l'accès aux outils d'enrichissement par les autres membres du laboratoire dans le cadre de divers projets.
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