Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités- Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GenphySE à Toulouse, dans l’équipe Modélisation Génétique et Génomique.
Contexte
Le concours hippique est un sport affichant une croissance annuelle de 4% depuis plus de 30 ans. Pour le bien être des chevaux et la satisfaction des cavaliers et du public, la longévité sportive, c’est-à-dire la durabilité d’un cheval en bonne santé et heureux en compétition est essentielle. La sélection classique à partir d’indices de longévité calculés à partir des résultats en compétition n’est pas possible car la précision nécessaire est obtenue trop tardivement. Aucun critère précoce n’est réellement connu. Nous avons donc proposé un protocole original, basé sur l’identification de poulains génétiquement extrêmes pour leur longévité fonctionnelle à partir des valeurs génétiques de leur père calculées sur plus de 1 millions de performances réalisées par 230 000 chevaux. Ce projet a été labélisé et financé par l’IFCE et le Fonds Eperon. Les deux lots de 500 poulains (haute/basse longévité) sont en train d’être phénotypés finement sur de nombreux critères indirects précoces pressentis dont de nombreux innovants (biomarqueurs sanguins, marqueurs de l’inflammation, du stress oxydant, caméra infrarouge). La puissance du dispositif proposé permet de diviser par 5 les effectifs nécessaires et rend l’identification de critères précoces possible.
- Vous serez plus particulièrement en charge de :
Objet du stage
Nous avons actuellement 600 chevaux déjà mesurés. L’objectif du stage M2 est de faire les premières analyses des principaux critères : notes de bien être, notes de tempérament, pointage des aplombs, des tares, mesures morphologiques, paramètres physiologiques, composition corporelle mesurée par un impédancemètre, mesures d’accéléromètrie au pas et au trot couplées à un cardiofréquencemètre et de reprendre l’analyse déjà entamée des bilans sanguins. Pour chacune des mesures, il s’agit d’identifier les valeurs aberrantes, la nature des distributions, d’imaginer le meilleur modèle statistique explicatif (analyse de variance avec effet de l’âge, du sexe, du lot de mesure…), et finalement d’estimer l’héritabilité de ces caractères. Il faudra raisonner la pertinence de chaque mesure par des analyses multi caractères de type ACP intra types de caractères mais aussi entre lots de caractères et finalement relier ces mesures à la longévité (régression logistique, apprentissage automatique type random forest). Enfin, il est aussi possible d’envisager d’utiliser des techniques de deep learning pour prédire le lot « longévité » à partir de l’ensemble des données.
Date de début de stage ajustable en fonction des disponibilités du(de la) candidat(e).
Formations et compétences recherchées
Master/Ingénieur (Bac+5)
- Connaissances souhaitées : génétique quantitative, statistique, informatique de base (par exemple R)
- Aptitudes recherchées : goût pour les statistiques et l’exploration de données
RÉFÉRENCE DE L'OFFRE
- Contrat : Stage
- Durée : 6 mois
- Début du contrat : 03/01/2022
- Rémunération : 3.90 € /heure - base 35h/semaine
- N° de l'offre : OT-13343
- Date limite : 30/11/2021
LE CENTRE
Occitanie-Toulouse
UMR 1388 GenPhySE Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage
31326 CASTANET-TOLOSAN
CONTACT
ANNE RICARD
+33 5 61 28 51 83
anne.ricard@inrae.fr
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