Alternance en biologie des systèmes

Contexte et atouts du poste

Dans le cadre d’un partenariat avec INRAE, à travers le projet COMIC, l ’objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.

Les efflorescences de cyanobactéries sont une préoccupation internationale du fait de leurs impacts écologiques, sanitaires et économiques : dégradation de la biodiversité des écosystèmes, perte de production en aquaculture et à la pêche, impact sur le tourisme avec fermeture des sites récréatifs, impact sur la santé végétale, humaine et animale (mortalité du bétail, légumes empoisonnés etc.) par empoisonnement aux cyanotoxines et coûts économiques importants pour le traitement de l’eau (Ibelings et al., 2016; Svircev et al., 2017). Dans le contexte d’anthropisation et d’eutrophisation croissante des milieux aquatiques, ces efflorescences sont de plus en plus fréquentes et impactantes sur les écosystèmes aquatiques. En particulier, les efflorescences du genre Microcystis sont décrits parmi les plus impactantes dans la littérature (Svircev et al., 2019).

Dans ce contexte, le projet COMIC ambitionne de mieux comprendre la survenue des efflorescences de cyanobactéries toxiques en contexte agri-alimentaire à travers le décryptage des interactions chimiques de type cross-feeding entre cyanobactéries du genre Microcystis et bactéries hétérotrophes dans la phycosphère en proposant des approches pluridisciplinaires combinant des outils de méta-omiques et de la modélisation mathématique. Pour ce faire, l’un des objectifs plus spécifiques du projet est la caractérisation des interactions au sein des consortiums « cyanobactérie-bactéries hétérotrophes », dans la phycosphère, in situ, lors d’efflorescences en plan d’eau et en conditions contrôlées au laboratoire, qui donnent lieu à des analyses métagénomiques et métabolomiques ciblées(recherche de cyanotoxines). L’ensemble permet d’étudier les interrelations entre la biodiversité structurelle et fonctionnelle au sein de ces assemblages mais également la complémentarité métabolomique entre ces micro-organismes dans la production de métabolites (e.g. microcystines).

Mission confiée

Les principaux objectifs de l'alternant·e seront de tester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques de micro-organismes à l’échelle individuel et de la communauté à partir de données de séquençage.

Les missions de l'alternant·e seront donc de :

1) De reconstruire les cartes métaboliques des souches de Microcystis et de son microbiote à partir des génomes préalablement annotés. 2) D’inférer les interactions de type cross-feeding entre les souches de Microcystis et leurs consortia de bactéries associées. 3) Comprendre l’effet des cyanotoxines sur les cross-feeding via l’analyse des cartes métaboliques reconstruites et en particulier la précision des voies de synthèses associées aux métabolites identifiés lors des expérimentations.

Principales activités

Principales activés :

1. Concevoir des modèles du métabolisme
2. Utiliser des outils pour prédire le fonctionnement des communautés microbiennes
3. Analyser la littérature scientifique pour valider ou invalider des prédictions
4. Mettre au point un pipeline d'analyse robuste et documenté
5. Rédiger un article scientifique

Activités complémentaires :

6. Participer à la vie scientifique de l'équipe de recherche
7. Présenter régulièrement les avancées des travaux aux partenaires

Compétences

Compétences techniques et niveau requis : master 1 en bioinformatique

Avantages

8. Restauration subventionnée
9. Transports publics remboursés partiellement
10. Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
11. Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
12. Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
13. Accès à la formation professionnelle
14. Sécurité sociale

Rémunération

Grille de rémunération contrat d'apprentissage en fonction de l'âge