Chercheur post-doctorant bioinformatique - biostatistique (h/f)

Chercheur post-doctorant bioinformatique - biostatistique


Université de Bordeaux

Date de début : 01/11/2024

Durée : 18 mois

Lieu : Bordeaux

Salaire : 2750 à 3000 brut mensuel

Vous souhaitez contribuer à un projet d’envergure visant à ralentir le déclin cognitif et à prévenir la démence ? Rejoignez le centre Bordeaux Population Health (BPH, U1219 Univ. Bordeaux – Inserm) – de l’Université de Bordeaux, l’un des principaux centres de recherche en santé des populations en France (près de 500 membres du personnel).

Pour ce poste, vous intégrerez l’équipe ELEANOR, l’un des 10 équipes de recherche du BPH. Cette équipe mène ses travaux de recherche sur l’expertise suivante : Epidémiologie du cancer et des expositions environnementales.

Dans ce contexte, nous recrutons deux chercheur∙euses post-doctorant en biostatistique (ou bioinformatique) pour œuvrer sur le projet de recherche SHIVA (Stopping cognitive decline and dementia by fighting covert vascular brain injury).

Votre mission principale se décline en deux axes principaux :

* La mise en œuvre d’analyses d’association entre des biomarqueurs moléculaires et des phénotypes liés à la maladie des petits vaisseaux cérébraux,
* Et le développement de méthodologies d’intégration de données multi-omiques afin d’identifier de nouveaux phénotypes moléculaires.

Plus précisément, vos activités se déclineront ainsi :

# Analyse de données

* Vous participez au prétraitement bioinformatique/statistique de données multi-omiques;
* Vous conduisez l’analyse statistique des données multi-omiques des cohortes du projet SHIVA et dans le cadre de méta-analyses d’autres cohortes internationales;
* Vous développez des programmes informatiques dédiés à l’analyse de données (gén)omiques.

# Intégration de résultats et valorisation de la recherche

* Vous étudiez la cohérence biologique des résultats statistiques au moyen d’outils bioinformatiques et de différentes bases de données;
* Vous participez à valoriser les résultats (constitution, organisation, gestion, visualisation) notamment par la rédaction d’articles scientifiques (revues scientifiques haut niveau).
* Vous participez à la formation et à l’encadrement de stagiaires et doctorants à l’utilisation de logiciels d’analyse de données multi-omiques;
* Vous communiquez auprès des différents partenaires du projet (nationaux et internationaux) notamment au sein des consortiums CHARGE, ISGC, BRIDGET.

Vous travaillerez sur un serveur de calcul de haute performance et avez de multiples données moléculaires générées par des cohortes de grande dimension ayant également des données épidémiologiques et d’imagerie cérébrale.


Compétences

Titulaire d’un doctorat (PhD) en épidémiologie génétique, statistique génétique, bioinformatique ou équivalent, vous avez une expérience dans l’analyse statistique et bioinformatique de données génomiques (et méthodologies associées).

* Vous faites preuve d’un bon niveau d’anglais (écrit, parlé et lu) et détenez des compétences en communication (rédactionnelle et orale);
* Vous maîtrisez différents langages de programmation (eg R, Python, C, C++, Perl), différents environnements informatiques (LINUX, Windows), l’utilisation de clusters/grilles d’ordinateurs;
* Vous savez gérer, organiser et manipuler des données (génomiques) de grandes dimensions en associant les bons outils appropriés aux problèmes posés;
* Vous maitrisez les outils communs de génétique statistique et bio-informatiques (ex FUSION, GATK, GSEA, GWAMA, LDPRED, MAGMA, Metal, Plink, Regenie, PRScs, R, Regar);
* Vous êtes capable de réaliser des études et analyses à partir de données omiques et mettez en œuvre des stratégies d’analyse intégrées multi-omiques.

Une expérience dans l’application de méthodes empruntées au monde l’IA serait un plus.

Plus d’informations :

En rejoignant le BPH de l’Université de Bordeaux, vous travaillerez dans l’équipe ELEANOR sous la supervision directe de David-Alexandre Tregouët et Stéphanie Debette.

Vous serez en étroite interaction avec les autres équipes du BPH, de l’IHU VHI et du projet SHIVA à Bordeaux.

Basé à Bordeaux (Campus Carreire) - accès tram Hôpital Pellegrin (arrêt de tram) bus, vélo.

Certains déplacements à prévoir (workshop, congrès, etc.)

CDD de 18 mois à partir du 1er novembre 2024

Salaire mensuel brut : entre 2750 et 3000 € selon expérience

Avantages liés au poste :

* 50 jours de congés annuels dès la première année
* Offre de restauration subventionnée
* Télétravail possible selon nécessités et organisation du service
* Prise en charge à 75% de l’abonnement aux transports en commun de Gironde
* Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois
* Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels
* Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail
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