Ingénieur en bioinformatique du cnr ist bactériennes - h/f

Description entreprise :
Situé dans une ville attractive, proche du bassin d'Arcachon et des Pyrénées, premier employeur de Nouvelle-Aquitaine, classé parmi les premiers au classement des CHU de France, le Centre hospitalier universitaire de Bordeaux assure ses missions de soin, de recherche, d'enseignement et de prévention au bénéfice de la population de la Métropole de Bordeaux et de sa région environnante.

Fort de 14500 agents et plus de 180 métiers, il regroupe ses activités sur trois sites hospitaliers, les groupes hospitaliers Pellegrin et Saint-André à Bordeaux et le groupe hospitalier Sud à Pessac. Etroitement liés à l'Université de Bordeaux, ils participent de manière constante à la formation médicale, chirurgicale, pharmaceutique et odontologique de la région ainsi qu'à la recherche fondamentale en liaison avec les unités INSERM et CNRS avec des nouvelles techniques innovantes.

Situé à Bordeaux, proche de Mérignac, le Groupe Hospitalier Pellegrin est le plus important des sites du CHU de Bordeaux. Il constitue un centre de soins aux compétences et équipements très étendus.

Le Centre National de Référence (CNR) des infections sexuellement transmissibles (IST) bactériennes est depuis mars 2017 sous la direction du Pr Cécile Bébéar et est localisé dans le laboratoire de Bactériologie du CHU de Bordeaux, GH Pellegrin, qui est le laboratoire coordonnateur. Ce CNR prend en charge à Bordeaux les activités Chlamydia trachomatis et Mycoplasmes urogénitaux. L'activité Neisseria gonorrhoeae est réalisée à Paris, APHP hôpital Saint Louis, sous la direction du Pr Béatrice Berçot. L'activité syphilis est aussi réalisée à Paris, APHP hôpital Cochin, sous la direction du Pr Nicolas Dupin. Les missions du CNR sont l'expertise, le conseil, la surveillance épidémiologique et l'alerte dans le domaine des IST à ces 4 bactéries.

Description du poste :
Principales activités

Assurer l'analyse des génomes bactériens séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, annotation, identification de variant).
Assurer l'analyse des amplicons séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, identification de variant).
Mise en application de ces analyses pour :
L'identification des marqueurs de résistance aux antibiotique set de virulence ;
Etude phylogénétique et identifications des clusters ;
L'attribution de variables.
Mise en œuvre de travaux de développement dans son domaine d'activité (NGS et bio-informatique).
Formation du corps médical et technique à l'utilisation des outils bioinformatiques installés et/ou développés.
Prise d'information et de conseils auprès des personnels / utilisateurs / usagers, relatifs aux projets et au domaine d'activité.
Traitement de l'information biologique : extraction, regroupement, représentation.
Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en solutions et en programmes bioinformatiques.
Identifier, analyser, prioriser et synthétiser les informations relevant de son domaine d'activité.
Formalisation et publication d'information en interne / externe.
Recensement et analyse des besoins des utilisateurs, spécifique à son domaine d'activité.
Utilisation et traçabilité des outils, logiciels et systèmes relevant de son domaine d'activité.
Veille spécifique à son domaine d'activité.
Travailler en équipe / en réseau.

Missions ponctuelles/Particularités

Participer aux réunions bi-mensuelles du CNR IST.
Vérification, mise en route, pilotage et surveillance des équipements, mise à l'arrêt.
Adapter des procédures / protocoles / modes opératoires / consignes relatives à son domaine de compétence.
Rédaction de documents technique, relatif à son domaine d'activité.
Analyser et évaluer les performances d'un système, d'un appareil, d'un outil spécifique à son domaine d'activité technique.
Valorisation des résultats dans les congrès scientifiques et par la participation à la rédaction des articles scientifiques en anglais.
Participer aux réunions organisées par les ingénieurs bio-informaticiens du pôle de Biologie-Pathologie.
Encadrer des stagiaires en bio-informatique.
Partager les outils bioinformatiques avec le corps médical et technique.
Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle.

Activités techniques

Configuration, développement et validation des logiciels bioinformatiques pour l'analyse des données NGS.
Mise au point de nouvelles analyses bioinformatiques en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
Création, entretien et développement de solutions de stockage et d'entrepôts de données (sauvegarde et archivage).
Maintenance des équipements, logiciels et bases de données, spécifique à son domaine d'activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
Relation avec la DSI pour la gestion des ressources de calcul et de stockage (serveur, machines virtuelles).
Aide à la conception et à la mise en place des nouveaux protocoles de séquençage par technique NGS.
Veille technologique active sur les nouvelles méthodes bioinformatiques et technologies associées.
Assurer le lien entre le laboratoire et les services du Biomédical et Informatique, spécifique à son domaine d'activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
Accompagnement des techniciens de laboratoire pour la gestion des dysfonctionnements, pannes d'équipements, problèmes techniques relevant de son domaine d'activité.

Hygiène

Respecte les règles d'hygiène et de sécurité en vigueur.
Respecte les règles et le circuit d'élimination des déchets.

Profil recherché :
Aptitudes

Être capable d'évoluer en fonction des évolutions techniques et/ou organisationnelles

Faire preuve de rigueur et avoir le sens des responsabilités

Savoir travailler en équipe / en réseau

Analyser et gérer les priorités

Être autonome et réactif

Savoir communiquer

Savoir gérer son activité et être force de proposition pour améliorer les performances

Communiquer et transmettre son savoir à l'ensemble du personnel du laboratoire

Connaissances requises

Utilisation avancée des systèmes Linux

Connaissance de différents langages de programmation / script (Python/Perl/Java/Bash/R…)

Conception et développement de logiciels

Conception et utilisation d'architectures système pour le stockage et l'analyse de grande quantité de données issues du séquençage haut débit

Conception et gestion de base de données

Avoir une bonne connaissance des spécificités génomiques des bactéries et leurs codes génétiques

Avoir une bonne connaissance des différentes techniques de biologie moléculaire

Faire preuve de rigueur et avoir le sens des responsabilités

Savoir gérer son activité et être force de proposition pour améliorer les performances

Maintenir ses connaissances, être capable et avoir l'envie d'acquérir de nouvelles connaissances

Maîtrise de l'anglais

Savoir faire face et s'adapter aux contraintes

Savoir se positionner et déterminer les limites de son domaine de compétences