Cdd post-doctorat en bioinformatique (h/f)

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CDD Post-doctorat en bioinformatique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :

Date Limite Candidature : jeudi 5 décembre 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : CDD Post-doctorat en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR7284-GIALIT-018
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : NICE
Date de publication : jeudi 14 novembre 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : La rémunération brute mensuelle est comprise entre 3021,50 € et 4389 € selon l'expérience professionnelle acquise antérieurement.
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Organisation, expression, évolution des génomes


Missions

Le post-doctorant contribuera à l'analyse bioinformatique des génomes de Saccharomyces en se concentrant sur l'étude des régions télomériques à l'aide du séquençage « long-read ». Cela comprend l'analyse de souches naturelles et modifiées. Le post-doctorant utilisera également des approches d'apprentissage automatique pour prédire le phénotype de la longueur des télomères et son rôle dans la régulation du paysage de la condition physique de l'espèce.


Activités

- Développer des pipelines pour l'analyse du génome de la levure et des prédictions phénotypiques basées sur l'apprentissage automatique.
- Analyse de la longueur des télomères individuels à l'aide de « long-read » sur une sélection de souches de Saccharomyces nouvellement isolées.
- Analyser des ensembles de données génomiques « long-read » à grande échelle pour tous les types de variations génomiques (SNP, CNV, SV, etc.).
- Analyser les variations génomiques, les études d'association pangénomique et la prédiction de l'impact fonctionnel.


Compétences

Le poste est ouvert aux personnes intéressées par les analyses génomiques. Une expérience préalable en bioinformatique, apprentissage automatique, programmation et de solides connaissances en génomique statistique sont essentielles. Il est attendu du candidat qu'il développe des pipelines avancés et qu'il soit capable d'analyser des ensembles de données à grande échelle.

Connaissances :
- Connaissance approfondie de la génétique de la levure et de l'analyse du génome.
- Connaissance approfondie de la programmation informatique (R, Unix, Python, HTML).
- Collecte, analyse et traitement des données (connaissances approfondies).
- Connaissance de la microbiologie et de la biologie moléculaire.
- Langue anglaise : B1 à B2 (Cadre européen commun de référence pour les langues).

Compétences opérationnelles :
- Traiter des données génomiques de grande taille.
- Contribuer à la maintenance des infrastructures bioinformatiques de l'équipe.
- Contribuer à la vie scientifique de l'équipe et à l'interaction étroite avec les autres membres.
- Rendre compte de son activité au chef d'équipe.
- Présenter des données lors de réunions de laboratoire.
- Rédiger des articles scientifiques et participer à des demandes de subventions.


Contexte de travail

Le post-doctorant sera affecté à l'équipe du Dr Gianni LITI « Génomique des populations et traits complexes ». L'équipe est l'une des équipes fondatrices de l'IRCAN et est située à la Faculté de Médecine de Nice. L'équipe dispose de tout l'équipement nécessaire pour les expériences de génétique et de génomique de la levure et a accès à des équipements de pointe en microscopie, cytométrie et génomique, ainsi qu'à des serveurs de calcul et de stockage.


Contraintes et risques

Ce poste est principalement axé sur la bioinformatique et nécessite l'utilisation à plein temps d'un ordinateur, avec les risques que cela comporte.

#J-18808-Ljbffr