Ingénieur en génomique, bioinformatique et écologie évolutive h/f

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Ingénieur en génomique, bioinformatique et écologie évolutive H/F

Date Limite Candidature : lundi 13 janvier 2025 23:59:00 heure de Paris
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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur en génomique, bioinformatique et écologie évolutive H/F
Référence : UMR7265-JULORD-009
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : ST PAUL LES DURANCE
Date de publication : lundi 23 décembre 2024
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 16 mois
Date d'embauche prévue : 6 février 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : A partir de 2847€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données


Missions

L'IR appliquera des méthodes de pointe pour analyser des données de séquençage haut débit, dans le cadre de 2 projets : CarboMagnet et SymbioMagnet.


Activités

• Utilisation de pipelines bioinformatiques automatisés
• Assemblage, binning et annotation de génomes à partir de métagénomes et de génomes amplifiés en cellule unique
• Génération de données de métabarcoding ADN et de figures d’analyse (heatmaps, barplots, PCA, arbres phylogénétiques, etc.)
• Reconstruction de phylogénies moléculaires
• Interprétation des modèles de diversité dans un cadre écologique, géochimique et minéralogique approprié
• Veille technologique dans la littérature scientifique
• Proposition d’activités ou d’outils innovants à tester


Compétences

• Connaissances en bioinformatique et biologie évolutive
• Expertise en métabolisme microbien, biologie moléculaire et séquençage de nouvelle génération
• Expérience des outils et pipelines bioinformatiques pour la métagénomique microbienne (assemblage, binning, annotation, génomique comparative)
• Maîtrise de Unix et connaissance de R et Python
• Bonnes capacités de gestion et manipulation de données
• Aptitudes démontrées en communication, organisation, résolution de problèmes et relations interpersonnelles
• Anglais oral et écrit


Contexte de travail

L'Institut de Biosciences et Biotechnologies Aix Marseille (BIAM) est une Unité Mixte de Recherche (UMR) composée d'une centaine de salariés permanents et d'une cinquantaine de salariés non permanents (CDD, doctorants et post-doctorants, stagiaires). L'UMR est implanté sur le site du CEA Cadarache et sur le Campus de la Faculté des Sciences de Luminy. Les projets de recherche fondamentale du BIAM ont pour objectifs la compréhension des mécanismes impliqués dans la réponse et l’adaptation des organismes vivants aux contraintes environnementales et le développement des technologies dédiées à la préservation de la qualité de notre environnement. Ils sont conduits selon plusieurs approches pluridisciplinaires sur des organismes modèles (algues, plantes, bactéries) ou sur les organismes les plus adaptés à partir d'études de la biodiversité.
Le poste est placé sous la supervision directe de Caroline Monteil (CEA Cadarache, BIAM, équipe BEAMM), responsable scientifique du projet financé, et de David Vallenet (CEA Évry, Génoscope), responsable de l’équipe LabGEM. Le candidat travaillera dans les 2 laboratoires situés respectivement à Évry et Saint-Paul-lez-Durance :
• L’équipe BEAMM (Biodiversité, Écologie et Adaptation des Microorganismes et Minéraux) explore la biodiversité, l’écologie et l’évolution des bactéries magnétotactiques et des organismes biominéralisants apparentés.
• L’équipe LabGEM (Laboratoire de Génomique, Environnement et Microbiologie) développe des outils bioinformatiques pour extraire des connaissances biologiques à partir d’organismes procaryotes, dans le cadre de recherches fondamentales au sein du Génoscope, maintenant intégré à l’infrastructure France Génomique.

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