Bioinformaticien (h/f)

Informations générales

Intitulé de l'offre : Bioinformaticien (H/F)
Référence : UMR7280-MARDAL-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : vendredi 14 février 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 mai 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 2419€ et 2546€ bruts mensuels pour une expérience de 1 à 5 ans
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Missions

Vous aurez pour objectif l'analyse de données bulk RNA-seq et scRNA-seq d'échantillons issus de poumons porcins et humains dans différentes conditions de perfusion et ventilation ex vivo. Vous devrez prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter si nécessaire et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projet. Vous devrez être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature.

Activités

·Prendre en main des scripts et pipelines bio-informatiques déjà conçus, utilisant des langages tels que R, Python ou Perl.
·Adapter ces scripts et pipelines bio-informatiques pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature et les optimiser par rapport aux besoins du projet.
·Collaborer avec des équipes multidisciplinaires (immunologistes, médecins, bio-informaticiens, statisticiens) pour interpréter les résultats, en tenant compte des demandes des porteurs du projet.
·Produire des rapports de résultats et les présenter lors de réunions internes ou externes.
·Créer et maintenir des bases de données et en assurer l’accessibilité à l’ensemble des membres du consortium.

Compétences

·Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.
·Maîtrise de logiciels requis pour l'analyse de données génomiques (CellRanger, STAR) et single-cell (Seurat, Monocle, Velocyto).
·Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, pseudotime, apprentissage statistique, .
·Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
·Bonne communication écrite et orale. Connaissance en administration système sous Unix/Linux, Shell.
·Expérience réussie en bioinformatique appliquée aux données génomiques et transcriptomiques.
·Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données.
·Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques. Autonomie dans la gestion des projets.
·Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.
·Aptitude à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire; capacités d'écoute et de proposition.
·Bases solides en biologie et idéalement en immunologie.

Contexte de travail

Le poste se situe au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein d’une équipe pluridisciplinaire composée d’experts et expertes en bioinformatique et d’immunologistes. Vous travaillerez à l’interface entre l’équipe du Dr. Dalod et l’équipe du Dr. Schwartz-Cornil. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un Ingénieur de Recherche de l’INRAE (Luc Jouneau). Vous participerez régulièrement aux réunions d’équipe au CIML et aux réunions de projet réunissant les deux équipes.
Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling) qui organise et fédère les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes) co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous bénéficierez de l’expertise existante sur les méthodes d'analyse de données de transcriptomique, et sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté.
Ce poste s’insère dans un programme de recherche collaboratif financé par l’ANR, basé sur un consortium de laboratoires de recherche fondamentale et clinique coordonné par le professeur Edouard Sage, et visant à améliorer les résultats de la transplantation pulmonaire. Spécifiquement, il s’agit d’identifier des méthodes de préservation et réhabilitation de poumons issus de donneurs d’organes, afin d’en augmenter la proportion remplissant les critères d’éligibilité pour la greffe, et de diminuer les risques de rejet aigu. La stratégie inclut la mise au point d’une machine pour permettre le maintien des poumons en perfusion ex vivo sous conditions de ventilation la plus physiologique possible, en pression négative. L’un de nos objectifs principaux est de démontrer que cette nouvelle machine réduit l’inflammation et l’œdème des poumons en perfusion ex vivo. L’une des approches méthodologiques majeure utilisée pour l’étudier sera l’analyse des réponses transcriptomiques des cellules du poumons au niveau du poumon entier ou de populations cellulaires d’intérêt (bulk RNA-seq) mais aussi de la cellule unique (single cell RNA sequencing, scRNA-seq), d’abord sur des poumons du modèle animal porcin puis sur des poumons humains non éligibles pour la greffe.
Le professeur Edouard Sage est chef du Service de Chirurgie Thoracique et Transplantation pulmonaire de l’Hôpital Foch (/offre-de-soins/chirurgie-thoracique-et-transplantation-pulmonaire/) et il exerce son activité de recherche dans l’équipe V2I en collaboration étroite avec le Docteur Schwartz-Cornil.

Contraintes et risques

Travail sur des données sensibles nécessitant un respect strict des règles d’éthique et de confidentialité.
Nécessité de se tenir constamment informé des évolutions technologiques et méthodologiques.
Lieu secondaire d’exercice : missions à l’INRAE à Jouy-en-Josas.