Ingénieur.e en bio-informatique spécialité génomique h/f

Ingénieur.e en bio-informatique spécialité génomique H/F

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* Fonction publique : Fonction publique de l'État
* Employeur : INRAE Centre Clermont - Auvergne-Rhône-Alpes
L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes.
Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
Expérience souhaitée Débutant
Rémunération (fourchette indicative pour les contractuels) A partir de 2 244,79€ brut/an
Catégorie Catégorie A+ (Encadrement supérieur - Autres emplois fonctionnels)
Management Non renseigné
Télétravail possible Non renseigné

Vous serez plus particulièrement en charge de l’analyse de séquences issues d’ADN ancien de plantes (Pont et al. 2019 doi: 10.1186/s13059-019-1627-1) et la comparaison avec les bases de données caractérisant les accessions modernes de blé (polymorphisme SNP), notamment des analyses phylogénétiques, descriptives (Blast, ACP). Vous participerez au développement méthodologique et à l’optimisation des process. Vous devrez assurer le suivi qualité et la traçabilité des analyses et rendre compte de la continuité du travail.


Profil recherché

Formation recommandée: ingénieur ou Master dans le domaine de la bio-informatique, modélisation de données, (épi)génétique, intégration des données (génétique, épigénétique, transcriptomique, petit ARNs).

Connaissances souhaitées:

* Maîtrise de langages de programmation (Bash, Python, R, C, C++, Gitlab, Conda, cluster de calcul type HPC, …) ainsi que des outils d’interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (Galaxy).
* Exploitation des données NGS (génétique, épigénétique, transcriptomique, petits ARN, etc.) allant du contrôle qualité des séquences à l'analyse plus fine des polymorphismes.
* Exploration de séquences (comparaison/mapping de séquences (Blast/BWA/bowtie)).
* Utilisation de banque de données génomiques.
* Alignement de séquences et phylogénie/phylogénomique, analyse de structure (Megan, Structure), génétique des populations.
* Biostatistique (machine learning, glm, modèles multivariés, ...) pour une interprétation éclairée des résultats.
* Maîtrise des techniques d’analyse de metabarcoding, métagénomique et statistiques associées.
* Une expérience en génomique comparative et génomique évolutive serait appréciée.

Aptitudes recherchées: rigueur, autonomie, motivation, communication en anglais.


Niveau d'études minimum requis

* Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
* Spécialisation Sciences de la Terre


Éléments de candidature

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire


Personnes à contacter

* Jérôme Salse


Qui sommes-nous?

INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Descriptif du service

Au sein de l'équipe PaleoEVO (http://bit.ly/PaleoEvo) de l'UMR Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (GDEC), vous participerez aux divers projets de l’équipe dans le domaine de la paléogénomique (analyse d’ADN ancien, reconstruction d’ancêtres) et recherche translationnelle chez le blé pour des caractères agronomiques. L’équipe d’accueil assure l’accès aux outils bio-informatiques nécessaires à la pleine réalisation du projet. Vous serez sous la responsabilité du directeur de recherche et d’ingénieur.e.s de recherche, et entouré de doctorants et post doctorants spécialisés en génétique et bio-analyse.

Date de prise de fonction au 01/06/2025.

Le site de Crouël est directement desservi par les lignes de bus régulières T2C n°9, n°35 et n°36.

Vous serez potentiellement amené à travailler sur 2 sites distants de 5 kilomètres.

Susceptible d'être vacant à partir du 01/06/2025

#J-18808-Ljbffr