Machine learning et réseaux phylogénétiques pour l’inférence du pangénome du pommier

Machine learning et réseaux phylogénétiques pour l’inférence du pangénome du pommier

CDD·Stage M2·6 mois Bac+5 / Master IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semence) LAREMA (Laboratoire Angevin de Recherche en Angers (France) Gratification réglementaire de stage M2

Statistique, Bioinformatique, Données omiques, Processus stochastiques en évolution

Contexte : Ce stage de M2 s’inscrit dans le cadre du projet PAN-PHYLO-NET, « Pangénomique et réseaux phylogénétiques » à l’université d’Angers. Avec les nouvelles technologies de séquençage, de nombreuses données dites « omiques » sont désormais disponibles. Les domaines d'études de ces données « omiques » hétérogènes et multi-échelles s'avèrent assez nombreux : on peut citer la métagénomique, la génomique comparative, la phylogénomique, la pangénomique, l'épigénomique, la protéomique, la transcriptomique, la métabolomique, la pharmacogénomique ... On s'intéressera ici à la pangénomique et à la phylogénomique. On proposera de nouvelles méthodes statistiques basées sur les graphes aléatoires, afin de décrypter le pangénome du pommier, modèle de choix à l'IRHS. Le stage se déroulera au sein de l'équipe « BioInformatics for plant DEFense Investigation » (BIDEFI) de l'IRHS, et de l'équipe « Analyse, Probabilité et Statistique » du LAREMA.

Objectifs du stage : Dans ce stage, on modélisera simultanément a) l'histoire réticulée (e.g. hybridations) à travers les réseaux phylogénétiques, b) le tri de lignées incomplet via le « Multispecies network coalescent » (cf. Degnan, 2018), et c) les duplications et pertes grâce au processus de naissance et de morts.

Compétences recherchées : Statistique / Processus stochastiques en évolution / Bioinformatique / Données omiques

Procédure : par mail (cv + lettre de motivation)

Date limite : 31 janvier 2025

Offre publiée le 13 novembre 2024, affichage jusqu'au 31 janvier 2025

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