Ingénieur de recherche (h/f) en microbiologie et biogéochimie cryosphériques?

Missions :
L'objectif principal est d'appuyer une équipe de recherche dans l'exploitation des données génétiques issues d'archives paléoécologiques (carottes de glace, sédiments) pour étudier la relation historique entre pollution métallique et résistance aux antibiotiques. En reconstituant les réponses microbiennes aux changements géochimiques passés, nous visons à identifier les mécanismes évolutifs de dissémination des gènes de résistance (ARG) afin d'éclairer les stratégies de réduction des risques environnementaux
Activités :
1. Développer et optimiser des pipelines bioinformatiques pour l'analyse métagénomique d'ADN environnemental ancien et moderne (carottes de glace/sédiments), en se concentrant sur :
- La détection et l'annotation des ARGs, HMRGs et éléments génétiques mobiles (MGEs).
- Le profilage taxonomique et les études d'association de gènes fonctionnels.
- L'analyse en série temporelle de la dynamique des gènes de résistance.
2. Concevoir et implémenter des interfaces serveur pour simplifier le traitement, le stockage et la visualisation des données pour des équipes interdisciplinaires (microbiologistes, géochimistes, modélisateurs).
3. Garantir la reproductibilité et l'évolutivité des workflows
4. Collaborer étroitement avec les membres du projet pour valider les pipelines et interpréter les résultats en vue de publications.
Contexte de travail :
L’Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE) est un laboratoire public de recherche sous les tutelles du CNRS, l’IRD, l’Université Grenoble Alpes (UGA) et Grenoble-INP qui travaille sur les changements climatiques et l'anthropisation de notre planète dans les régions polaires, de montagne et la zone intertropicale, régions particulièrement sensibles et aux enjeux sociétaux majeurs.
L'effectif moyen du laboratoire est d'environ 330 personnes, dont 190 membres permanents (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs) et environ 140 doctorants, post-doctorants et personnels en contrat à durée déterminée. Chaque année, le laboratoire accueille environ 120 stagiaires et visiteurs scientifiques. L'IGE est installé dans quatre bâtiments du campus universitaire de Grenoble (bâtiment de glaciologie, OSUG-B, Maison Climat Planète et INRAE-Grenoble Saint Martin d'Hères).
L'IGE est l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) qui est une structure fédérative de l'INSU.
Le candidat/candidate sélectionné.e effectuera sa mission au sein de l'équipe ICE3 de l'IGE et sera placé sous la responsabilité de Catherine LAROSE. Ce poste s'inscrit dans le cadre de l'ERC Paleo-MARE.

Contexte scientifique :
Les cycles biogéochimiques globaux, pilotés par l'activité microbienne, sont essentiels à la santé de notre planète. Les activités humaines—extraction minière, processus industriels et utilisation d'antibiotiques—ont modifié ces cycles,
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