Master 2 phytopathologie - viticulture

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

¡Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR 1065 - Santé et Agroécologie du Vignoble dans l’équipe «Biorésilience » constituée de 3 chercheurs, et deux assistants ingénieurs dont un recruté sur le projet en CDD. l’INRAE Nouvelle Aquitaine, Villlenave d’Ornon. Vous serez recruté dans le cadre d’un projet Ecophyto II+ Epidémio surveillance VALORISE qui vise à enrichir la liste des indicateurs relevés dans le cadre des réseaux d’épidémiosurveillance pour une analyse systémique du risque de développement des bioagresseurs. Dans le cadre de ce projet vous vous intéresserez au black rot de la vigne

¡Vous serez plus particulièrement en charge de : la mise en place et suivi d’un système sentinel :
- Evaluation de la dynamique de maturation et de survie de l’inoculum primaire sur les momies (coupes microtomes, quantification microscopie, quantification compteur à particule),
- Gestion et évaluation de plantes pièges, et participation à des notations de maladie au vignoble.
- Une expérimentation en condition contrôlée de contamination de grappes de trois variétés avec suivi de la maturation des momies produites lui sera également confiée (suivi de phénologie des grappes, production d’inoculum, contamination des grappes, notations de maladie).
- La gestion, analyse des données et analyses des modèles existants feront également parti de ses attributions.

Techniques : Travail en conditions axéniques Guignardia bidwellii, microbiologie, microscopie, préparation de plants, analyses de données, analyses bibliographiques.

Contexte : Le black rot est en recrudescence depuis quelques années dans plusieurs vignobles. Il devient une nouvelle priorité pour les viticulteurs, en particulier dans un contexte de réduction de solutions fongicides efficaces et du déploiement de variétés résistantes à l’oïdium et au mildiou, mais sensibles au black rot. Le niveau des épidémies de black rot est également très dépendant de l’entretien du vignoble (parcelles abandonnées, débris au sol…). Le cycle du BR (Guignardia bidwellii) est relativement complexe, avec des épidémies initiées par des ascospores (spores sexuées dispersées à longue distance par le vent) ou des pycniospores (conidies dispersées par splashing). Les ascospores sont générées dans des périthèces, conceptacles qui se forment sur les baies contaminées (momies) l’année N-1 et les pycniospores qui se forment à chaque cycle asexué essentiellement sur feuilles ou également dans les conceptacles des momies…Les deux types de spores, libérées par les pluies, ont besoin pour germer d’une période d’humectation importante (min >6h), et d’une période d’incubation longue de deux à trois semaines en fonction de la température. Il en résulte que quand les premiers symptômes apparaissent sur feuilles plusieurs cycles ont pu être initiés.

Deux modèles épidémiologiques ont été développés à l’étranger et permettent 1. de bien décrire le processus de contamination (infection et durée de la période d’incubation) et d’indiquer, en fonction de la durée de la période infectieuse, si le risque de contamination est nul, léger, moyen ou fort [4]. Le risque est cependant uniquement basé sur le climat et potentiellement modulé (plateforme Suisse VitiMeteo) par la phénologie de la plante. Le deuxième modèle 2. calcule la maturation des ascospores et des conidies et leur dynamique de libération et de dispersion en fonction de la pluie [5]. Aucun des modèles ne tient compte de la quantité ou même du type d’inoculum sur la parcelle, ni de la variation potentielle d’initiation des épidémies de l’année N en fonction de la date de contamination et formation des conceptacles en année N-1. Les modèles à l’heure actuelle ne permettent pas de dire si de l’inoculum est présent dans la parcelle ou alentour, à quel niveau, ni si des facteurs comme le type d’inoculum primaire et la date d’éjection des spores sont des facteurs de variation importants qui pourraient modifier le risque et la gestion des épidémies. Les modèles du Bulletin de santé du végétal n'utilisent pas ces modèles épidémiologiques pour prédire le risque et la protection se base sur l’historique de maladie de la parcelle.

Question de recherche : Pour améliorer la prévision de risque BR, et la gestion des épidémies, nous travaillons à définir de nouveaux indicateurs de risque basés non pas uniquement sur le climat, mais sur des connaissances épidémiologiques de suivi d’inoculum primaire, de sporée aérienne, et de modélisation ainsi que sur le poids des deux types d’inoculum dans les épidémies et dégâts.

Pour avancer sur ces questions de recherche nous avons mis en place des outils de suivis d’inoculum, de l’infection, de sa dispersion en relation avec la maladie.

Formations et compétences recherchées

Licence (Bac+3)
- Formation recommandée : Licence/Master (Bac+3/5)

Étudiant ingénieur agronome ou Master 2, idéalement avec une spécialisation dans les domaines de la phytopathologie / épidémiologie végétale
- Connaissances souhaitées : en épidémiologie végétale, microbiologie, analyse de données (maîtrise de R souhaitée).
- Expérience appréciée : travail de laboratoire, expérimentations de terrain, intérêt pour la viticulture
- Aptitudes recherchées : Capacité à travailler de manière autonome et en équipe, sens de l’observation, de l’organisation et de la gestion d’échantillons et de données

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr