Ingénieur-e biologiste en analyse de données

À propos de nous

Ambitieuse et innovante, l'Université de Lille réunit facultés, instituts et écoles de renom. Notre objectif : Construire une université internationale, rayonnante et attractive, ancrée dans son territoire et moteur du développement économique et socio-culturel. Faire le choix de l'Université de Lille, c'est rejoindre une communauté résolument tournée vers l'avenir et engagée pour l'excellence académique.


Mission

CDD 3 ans

MISSIONS

Contribuer à l'activité de la plateforme de bioinformatique Bilille principalement au travers de l'encadrement

technique et scientifique d'ingénieurs juniors pour la réalisation de projets d'analyse de données au service des

unités de recherche en Biologie et Santé de la métropole Lilloise. Contribuer au développement de la plateforme :

montage de projets, veille scientifique/technologique et conception des offres de formation en lien avec l’Institut

Français de Bioinformatique (IFB).

Activités principales :

- Conduire et encadrer les projets d’analyse de données biologiques (génomique, transcriptomique,

protéomique) réalisés par 3 à 4 ingénieurs d’étude présents sur la plateforme

- Participer au montage et à la rédaction de projets collaboratifs

- Contribuer à l’organisation de la plateforme et à son développement

- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Activités associées :

- S’investir dans le travail collectif de la plateforme (formation, animation)

- Contribuer à l’activité de développement de ressources originales (packages, logiciels, workflows) au

service de la communauté de recherche en biologie et santé, à l’échelle locale, nationale et internationale

- Assurer le support aux utilisateurs pour l’utilisation des ressources HPC (cloud, cluster).

Particularités du poste

- Rotation des ingénieurs sur les 3 sites lillois: Cité scientifique, Campus santé et Campus pasteur.
- Travail prolongé sur écran, avec risques associés (vision, posture, isolement).
- Obligation de respecter le secret professionnel et les contraintes de calendrier (Charge de travail variable) liés aux projets.


Profil

Compétences attendues et savoir-faire opérationnels :

- Expertise dans le choix et l’utilisation des approches de bioinformatique pour l’analyse de données

- Maîtrise de la programmation dans un environnement Linux (Python, R, bash)

- Bonnes pratiques d’analyse et de reproductibilité (Nextflow, Snakemake, Conda, Docker, RMarkdown)

- Notions avancées en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique)

- Interaction avec des profils variés (biologistes, bioinformaticiens, biostatisticiens)

- Capacité d’encadrement et de gestion de projets

- Anglais technique (B2)

Spécificités et environnement du poste :

La personne recrutée sera amenée à travailler sur les 3 sites d’implantation de Bilille (accessibles facilement

par les transports en commun). Réalisation d’un à deux jours de télétravail par semaine possible.

Formation requise :

master/diplôme d’ingénieur en bioinformatique ou doctorat en biologie avec une forte composante en bioinformatique

Au moins 24 mois d’expérience réussie en encadrement d’équipe