L'Institut Pasteur conduit des recherches biomédicales de pointe et avant-gardistes depuis plus de 130 ans.
Sur notre campus de 5 hectares en plein Paris (15è arrondissement), dans un environnement multiculturel et stimulant, 3000 personnes collaborent ensemble pour répondre aux ambitions de l'Institut Pasteur. Au sein de l'unité "Pathogenèse des bactéries anaérobies", nous étudions la Clostridioides difficile, une bactérie anaérobie stricte à Gram positif, qui est l'agent principal responsable de diarrhées associées aux soins chez les adultes dans les pays développés.
Un des principaux défis dans la gestion des infections à C. difficile est la lutte contre le taux élevé de rechutes. Après une première infection et son traitement par antibiothérapie, une rechute survient dans 30% des cas et la fréquence augmente à chaque nouvel épisode. Lorsque la récidive se produit avec la même souche (dans 40% des cas), les causes restent encore inconnues. À ce jour, on associe la capacité de C. difficile à persister dans le tractus gastro-intestinal par la capacité de C. difficile à produire des spores et des biofilms.
Les acides gras issus de l'hôte, de son microbiote et de l'alimentation sont d'importants modulateurs de la physiologie intestinale, de l'immunité et du microbiote.
Nous venons de montrer au laboratoire, en utilisant des modèles in vitro, que les acides gras exogènes favorisent la formation de biofilm chez C. difficile et modifient les propriétés de ses spores.
Le projet d'apprentissage s'inscrit dans l'étude menée au laboratoire qui s'intéresse au rôle des acides gras du tractus digestif sur la formation des biofilms et des spores et leur impact sur la persistance de C. difficile dans le tractus intestinal.
Les missions principales de l'apprenti·e seront :
D'une part en microbiologie moléculaire :
i) la construction de souches délétées de gènes d'intérêt, notamment dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides
ii) le clonage de ces gènes sous le contrôle soit de leur propre promoteur soit d'un promoteur inductible.
D'autre part, l'apprenti·e caractérisera les souches obtenues et l'importance des gènes ciblés dans le développement des formes de résistance de C. difficile grâce à des tests phénotypiques et biochimiques.
Il ou elle testera la capacité de ces mutants à faire des biofilms in vitro en présence ou en absence d'acides gras, à sporuler et à germer, ainsi que la résistance des formes végétatives et des spores à différentes conditions de stress.
L'apprenti·e sera donc formé·e à la manipulation de pathogènes de classe II en enceinte anaérobie, à la génétique et la physiologie bactérienne, à la production et la caractérisation des biofilms et des spores etc. Il ou elle devra apprendre à analyser et à présenter ses résultats à l'occasion des réunions de laboratoire pour discuter de la pertinence des cibles choisies intervenant dans le cycle infectieux de C. difficile.
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