Post-doctorant (h/f) en physique appliquée à la modélisation multi-échelle de la dynamique des tissus biologiques

Informations générales

Intitulé de l'offre : Post-doctorant (H/F) en physique appliquée à la modélisation multi-échelle de la dynamique des tissus biologiques
Référence : UMR3738-LAUBAL0-005
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 15
Date de publication : lundi 17 février 2025
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 mai 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 3081 € et 4756 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : 51 - Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant

Missions

Nous recherchons un physicien pour un contrat postdoctoral de deux à trois ans dans le cadre du projet ERC SyG PEPS. Le projet a pour but de modéliser, par des méthodes biophysiques, la dynamique spatio-temporelle d’interactions et de changements d’état cellulaires qui sous-tend l’homéostasie dynamique de la population de cellules souches neurales du cerveau antérieur.

Activités

- rôle principal : développer une modélisation du système de cellules souches basée sur les interactions cellulaires médiées par la voie de signalisation Notch en utilisant une représentation spatiale en « lattice » et une progression de lignage simple inférée par des critères morphométriques et fonctionnels (modélisation à base d’agents et d’équations différentielles)
- rôle principal : complexifier progressivement les états cellulaires dans cette modélisation en y intégrant des données continues de trajectoire cellulaire révélées par transcriptomique (équations différentielles partielles et structure compartimentée)
- rôle principal : travailler à l’interface avec les biologistes pour confronter les modèles au résultat de perturbation biologiques induites, et pour inférer, à l’aide des modèles, de nouvelles interactions cellulaires ou de nouveaux paramètres de changements d’état cellulaire qui peuvent être ensuite testés expérimentalement.

Compétences

- doctorat en physique appliqué à la biologie, notamment aux modélisations de comportements multicellulaires
- expérience préalable en modélisation biophysique des interactions cellulaires, idéalement de la voie de signalisation Notch et idéalement dans le modèle poisson zébré, sous forme d’équations différentielles
- souhaitable : expérience dans l’analyse de sensibilité des paramètres et la théorie de l’information
- coder en R, Python ou Matlab
- connaissances théoriques en biologie du développement et/ou biologie des cellules souches (notions d’état cellulaire, de destin, de lignage, de signalisation)

Contexte de travail

Le laboratoire se trouve à l’institut Pasteur dans l’UMR3738 (biologie du développement et cellules souches). Il est actuellement composé de 14 personnes (3 postdocs, 2 étudiant(e)s en thèse, 3 chercheurs/es CNRS, 5 ingénieur(e)s, 1 technicien animalier).
Le laboratoire étudie les cellules souches neurales avec pour modèle le cerveau du poisson zébré. Nous cherchons à comprendre comment sont régulés et coordonnés les choix cellulaires de division et différenciation.