Stage m1 : evaluation des approches de metabarcoding pour un suivi des pollinisateurs sauvages

Stage M1 : Evaluation des approches de metabarcoding pour un suivi des pollinisateurs sauvages

Stage: M1 - 2 mois - Bac+3 / Licence
INRAE Dynafor - MIAT - CASTANET TOLOSAN (France) - Non rémunéré

Offre de stage Bioinformatique M1

Durée du Stage: 6 ou 8 semaines (non rémunéré)

Responsables: Anaïs Marquisseau, Magalie Pichon, Christophe Klopp

Contexte: Evaluation des approches de metabarcoding pour un suivi des pollinisateurs sauvages dans un contexte de réduction d’usages des pesticides.

Les techniques de séquençage haut débit (NGS : Next Generation Sequencing) ont permis de suivre les communautés d’insectes de manière rapide et à grande échelle. Le metabarcoding permet d’identifier simultanément toutes les espèces présentes dans un même piège. Cependant, des résultats variables et parfois contradictoires ont été obtenus selon les méthodes de piégeage et les protocoles utilisés.

Dans le cadre de ce projet, nous proposons d’évaluer le potentiel du metabarcoding pour suivre les pollinisateurs sauvages. Au cours de l’année 2024, nous avons piégé des insectes à l’aide de bols colorés remplis d’eau et de détergent dans 17 parcelles, conduites soit en agriculture conventionnelle, soit en agriculture biologique.

Objectifs du stage:

1. Déterminer à quelle espèce appartient chaque individu barcodé (Barcoding à partir d’une patte).
2. Evaluer la résolution taxonomique des marqueurs CO1 et 16S dans les mélanges de pattes provenant des différents bols de collecte.
3. Détecter les traces laissées par les insectes dans les liquides de piégeage et de stockage.

Activités et méthodologies proposées:

1. Interrogation de bases de données mondiales et locales par Blast.
2. Utilisation du pipeline FROGS (sur Galaxy ou en ligne de commande) ou création d’un pipeline pour l’analyse de données bioinformatiques.
3. Evaluation de différents outils bioinformatiques et ajustement des paramètres/filtres pour la détection de traces en milieu liquide.

Profil souhaité:

* Formation en bio-informatique.
* Autonomie et esprit d’initiative.
* Compétence en manipulation de données sous R/Python et Linux.
* Maitrise de l’anglais.
* Intérêt pour les technologies de séquençage haut débit, la taxonomie et l’entomologie.

Lieu du stage: INRAE CASTANET, Unité Dynafor.

Procédure: Personnes à contacter pour renseignements et candidature:
anais.marquisseau@inrae.fr, magalie.pichon@inrae.fr, christophe.klopp@inrae.fr

Offre publiée le 30 octobre 2024, affichage jusqu'au 30 avril 2025.

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