2016/08/19 ingénieur développeur en neuroimagerie fonctionelle

Date de l'annonce : vendredi 19 août 2016

Intitulé du poste : Ingénieur développeur en Neuroimagerie Fonctionelle

Type de structure : Equipe Mistis, Inria Grenoble (http://www.inria.fr/equipes/mistis), avec possibilités de visites au CEA Saclay (NeuroSpin)

Contexte et mission : L’IRM fonctionnelle (IRMf) permet d’explorer le fonctionnement cérébral en détectant les réseaux neuronaux sollicités dans différentes conditions expérimentales, sensorielles ou cognitives. L'analyse classique des données d'IRMf d'activation repose sur un modèle de régression, où le signal BOLD (Blood Oxygen Level Dependent) acquis dans chaque voxel est décomposé en une composante stimulus-induite (signal d'intérêt) et du bruit. Le signal d'intérêt est construit à partir de deux éléments : D'une part, il est défini à partir du paradigme expérimental au cours duquel les stimuli sensoriels ou cognitifs sont délivrés à intervalles de temps relativement réguliers, induisant chez le participant des activations cérébrales spécifiques. D'autre part, ce signal s'appuie sur un modèle canonique du couplage neurovasculaire, c'est-à-dire d'une forme de réponse impulsionnelle pour ce système qu'on appelle la fonction de réponse hémodynamique (FRH). La plupart des logiciels d'analyse des données en IRMf (SPM, FSL, AFNI) considèrent cette FRH comme constante dans tout le cerveau et identique pour tous les individus alors que de nombreux travaux dans la littérature ont montré sa variabilité à travers les régions cérébrales et les classes d'âge. Lorsque la FRH du sujet examiné diffère de la canonique, cela constitue un frein à la pénétration de l'IRMf comme outil d'investigation en clinique.

Le logiciel PyHRF implémente une approche de détection-estimation conjointe (DEC) de l'activité cérébrale, où la détection des activations corticales est réalisée conjointement à l’estimation de la FRH inconnue, en analysant les données non lissées spatialement. Cette approche permet ainsi de dépasser la limite soulignée préalablement qui existe dans les logiciels concurrents.

Récemment, les fonctionnalités du logiciel PyHRF ont été étendues pour le rendre déployable et utilisable par des non-spécialistes, notamment en clinique. Le logiciel permet de naviguer dans le cerveau, et notamment dans les régions sollicitées au cours de l'expérience, afin de visualiser les activations et leur décours temporel au travers du profil de FRH estimé. Des tests préliminaires ont été réalisés sur des données cliniques.

Sous la direction des responsables scientifiques du projet et en collaboration avec des neuroradiologues, il s’agira de :

1. Poursuivre l’évaluation du logiciel et d’y apporter les modifications nécessaires ;
2. Implémenter une interface homme-machine pour faciliter l’utilisation ;
3. Intégrer l’outil dans la chaîne de production de rapports d’expertise (reporting automatique pour intégration dans la routine hospitalière) ;
4. Participer à la mise en place d’expériences cliniques supplémentaires.

Le poste offrira :

1. L’opportunité de travailler dans un projet multi-partenaires riche en échange entre des équipes leaders dans leur domaine de recherche en imagerie cérébrale et traitement d’images ;
2. L’opportunité de travailler dans un environnement interdisciplinaire, à l’interface entre le monde de la santé, l'imagerie médicale et le traitement d'images ;
3. L’opportunité de travailler dans un environnement couplant des dispositifs diagnostiques cliniques et des objectifs opérationnels motivants.

Date de prise de fonction : dès que possible et au plus tard octobre 2016

Durée : 12 mois

Pour être éligible, le dossier de candidature devra comporter :

1. Une lettre de motivation pour le poste, détaillée et personnalisée ;
2. Un CV complet intégrant l’expérience du candidat ainsi que ses formations académiques ;
3. Des lettres de recommandation ou des noms et coordonnées de personnes pouvant apporter leur soutien au candidat.

Lieu : Grenoble, France

Rémunération : de 1611.77€ à 2315.50€ net par mois en fonction de l’expérience et de la qualification du candidat.

Diplômes requis : Formation de haut niveau en informatique (diplôme de master, d'ingénieur ou de doctorat)

Compétences requises : Très bonne connaissance du langage Python et de l’environnement GitHub ; Expérience du développement sous Linux ; Excellentes capacités relationnelles et rédactionnelles ; Rigueur, autonomie et curiosité technique pour s’impliquer dans un projet multidisciplinaire ; Une connaissance du domaine du traitement des images médicales serait un plus.

Contact : Merci d’envoyer vos candidatures à : Florence Forbes (florence.forbes@inria.fr)

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