Ingénieur·e de recherche en phytopathologie et biologie moléculaire h/f

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Présentation INRAE

L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l'animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Environnement de travail, missions et activités

Description du projet
L'introgression de gènes R, qui codent pour des protéines de résistance de type NLR, est l'une des stratégies les plus largement utilisées dans le contrôle génétique des pathogènes et la sélection de variétés résistantes pour les principales espèces de cultivées. Cependant, un nombre croissant d'études indique que le changement climatique, et en particulier l'élévation de température (un des principaux facteurs abiotiques dont les scénarios climatiques prévoient une forte fluctuation et dont l'impact sur l'immunité des plantes est le plus décrit), affecte négativement la majorité des résistances végétales caractérisées aux pathogènes. Dans ce contexte, l'identification de mécanismes de défense des plantes dont l'efficacité reste stable à température élevée, et plus largement dans des environnements en changement, est cruciale. Dans le cadre d'un projet de recherche supervisé par Richard Berthomé (équipe REACH "dynamiques des voies de résistance des plantes et adaptation au changement climatique", LIPME) et du projet de thèse de Nathalie Aoun (2).

Nous avons identifié une accession naturelle d'Arabidopsis thaliana dont la résistance à Ralstonia solanacearum, bactérie dévastatrice qui affecte plus de 200 espèces végétales appartenant à 53 familles botaniques incluant des espèces de cultures économiquement importantes, reste thermostable. Nous avons démontré que cette résistance était conférée par un variant allélique d'un gène codant une protéine de type NLR induisant la résistance à la bactérie et dont les différents acteurs (côté plante et bactérie) sont caractérisés dans l'équipe. Ces travaux, qui seront prochainement publiés nous ont permis d'identifier et de valider fonctionnellement ce variant allélique.

Activités
En combinant transgénèse, exploitation de données de génomique comparative et prédictive obtenues par la start-up imean (https://imean-biotech.com/), biologie moléculaire, microbiologie et phénotypage de plantes (tomate et arabidopsis) vous :

1) conduirez ce projet et gérez les intéractions avec la start-up imean,

2) étudierez la transférabilité de la thermostabilité de la résistance conférée par le variant allélique du NLR caractérisé dans l'équipe, chez la tomate, un hôte naturel de Ralstonia solanacearum et une espèce cultivée d'intérêt économique majeur,

3) testerez la thermostabilité de variants alléliques naturels prédits et identifiés par les modèles développés par la société imean pour trois autres résistances connues et caractérisées chez Arabidopsis et la tomate impliquant des gènes codant des NLR. Les résultats générés apporteront des nouvelles connaissances permettant d'évaluer la généricité de ce type de mécanismes chez différentes espèces et la possibilité de les prédire, de préciser la nature des polymorphismes génétiques et des domaines impliqués dans la thermosabilité des résistances conférées par de variants alléliques d'autres NLR.

Vous serez affecté-e au Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement (LIPME, UMR INRAE/CNRS ; https://www.lipme.fr/fr/) au sein de l'équipe REACH, et sera supervisé par Richard Berthomé. Le projet sera réalisé en collaboration avec la start-up imean et l'entreprise semencière SYNGENTA. Des points d'étape, réunions devront être organisées tous les 6 mois pour rendre compte de l'évolution du projet.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation : Doctorat en science du végétal avec de solides connaissances phytopathologie.

Compétences : Très bonne maîtrise des techniques usuelles de biologie moléculaire et de microbiologie; expertise scientifique et opérationnelle sur les interactions plantes-pathogènes (notamment le phénotypage des différents accessions sauvages de plantes ou de matériel mutant/transgénique dans le cadre de l'interaction avec différentes espèces de bactéries : test HR, inoculations, quantification des bactéries in planta); Maîtrise des méthodes statistiques associées.

Capacités personnelles : Autonomie et bonnes capacités d'adaptation, de travail en équipe, de communication (présentations en français et en anglais) et de rédaction (français et en anglais).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- Jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- D'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- De dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- D'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- De prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- D'activités sportives et culturelles ;
- D'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l'obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l'exercice de leurs fonctions, qu'elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu'elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr