Ingénieur·e en développement en biologie cellulaire et cytométrie h/f

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Présentation INRAE

L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l'animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli.e au sein de l'Institut Micalis, basé sur le campus INRAE de Jouy-en-Josas, dans l'équipe Fonctionnalité de l'Ecosystème Intestinal (FInE). Vous travaillerez en étroite collaboration avec l'équipe AMIPEM dans le même institut de recherche. L'équipe FInE est composée de 10 chercheurs et 4 personnels ingénieurs et techniques permanents et d'une dizaine de non permanents (techniciens, ingénieurs, étudiants, doctorants et chercheurs postdoctorants). Les recherches menées dans cette équipe s'intéressent aux fonctions du microbiote intestinal et son dialogue avec l'hôte à travers quatre axes de recherche : (1) l'écologie et la dynamique du microbiote intestinal à différentes perturbations ; (2) les fonctions fibrolytiques de bactéries intestinales ; (3) le rôle du microbiote intestinal dans les troubles du comportement alimentaire et (4) le dialogue entre microbiote intestinal et l'hôte, notamment à travers l'épithélium intestinal.

Votre travail portera sur l'axe 4 de l'équipe, en lien avec les recherches de Pierre Larraufie, chercheur s'intéressant aux régulations des cellules entéroendocrines de l'intestin, les cellules produisant les différents types d'hormones intestinales. Vous serez recruté.e dans le cadre du projet ANR Enterofructose, coordonné par Véronique Douard, chercheuse dans l'équipe AMIPEM, avec qui vous serez également amené.e à collaborer. Ce projet consiste à identifier les mécanismes provoqués par la malabsorption du fructose sur la sensibilité viscérale dans un contexte de syndrome de l'intestin irritable. Nous nous intéressons en particulier à l'effet de cette malabsorption sur le microbiote intestinal et les perturbations induites sur les cellules entéroendocrines.

Vous participerez à la caractérisation des cellules entéroendocrines dans ces contextes de malabsorption du fructose et la réponse épithéliale à différents métabolites identifiés comme important dans la régulation de ces cellules. Les approches utilisées pour cela sont la culture cellulaire, notamment d'organoïdes intestinaux, la cytométrie et le tri cellulaire, différentes approches de transcriptomique, notamment à l'échelle de la cellule unique. Vous pourrez éventuellement être amené à participer aux expérimentations animales. Vous serez formés par différents spécialistes des expérimentations et si besoin et serez amené à développer les protocoles pour répondre au mieux aux demandes en lien avec les chercheurs du projet.

Vous serez plus particulièrement en charge de :
- Conduire des expérimentations de culture cellulaire sur organoïdes intestinaux de souris et éventuellement humains et de biologie moléculaire associé (extraction d'ARN et qPCR, marquages en immunofluorescence, extraction de protéines et de peptides).
- Participer à la gestion et l'organisation du laboratoire de biologie cellulaire de l'équipe de niveau L2
- Développer et réaliser des analyses par cytométrie pour identifier les différentes sous populations de cellules entéroendocrines à partir d'échantillons intestinaux ou d'organoïdes et les trier
- Préparer des échantillons pour séquençage en transcriptomique
- Analyser les résultats, y compris les données de transcriptomique, et les communiquer aux porteurs de projet ; assurer la traçabilité des expérimentations et la gestion des données et des échantillons acquis
- Respecter les règles de bonne pratique de laboratoire et participer à la vie collective de l'équipe

Conditions particulières d'activité :

La culture cellulaire est réalisée dans un laboratoire de type L2. Pour certaines expérimentations, un travail en horaire décalé ou le weekend peut éventuellement être nécessaire.

L'unité Micalis est une Zone à régime restrictif, le recrutement est donc soumis à avis ministériel.

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac +3/5)
- Formation recommandée : niveau Bac +3 à +5 en biologie cellulaire ou physiologie
- Connaissances souhaitées : Culture cellulaire dont organoïdes, cultures primaires ou tri-dimensionnelles ; Règles de fonctionnement et de sécurité d'un laboratoire L2, techniques classiques de biologie moléculaire cytométrie ; analyse et gestion de données, notamment de données de cytométrie et / ou de RNAsequencing
- Expérience appréciée : expérience en laboratoire de culture cellulaire (niveau L2) et ou de cytométrie
- Aptitudes recherchées : Travail en équipe, intérêt pour le collectif, capacité d'organisation et d'initiative, communication (éventuellement en anglais), curiosité, rigueur, autonomie

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- Jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- D'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- De dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- D'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- De prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- D'activités sportives et culturelles ;
- D'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l'obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l'exercice de leurs fonctions, qu'elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu'elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr